Hoàn thuế (HT) cho doanh nghiệp (DN) là chính sách của Nhà nước nhằm hỗ trợ các DN giảm bớt khó khăn về vốn; góp phần tăng thu ngân sách.
Theo quy định, những đối tượng sau được thực hiện HT gồm các cơ sở kinh doanh: có 3 tháng liên tục trở lên có số thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào chưa được khấu trừ hết; mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ; có dự án đầu tư mới hoặc đang trong giai đoạn đầu tư; có chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA)…Năm 2009, Cục Thuế tỉnh đã tiếp nhận được 182 hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng (HTGTGT) và đã giải quyết 171 hồ sơ thuế với tổng số tiền thuế được HT trên 216 tỷ đồng. Trong đó chủ yếu thực hiện HTGTGT đối với DN có chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn ODA là 99,4 triệu đồng; HT cho DN xuất khẩu là 33,7 tỷ đồng; HT cho DN đầu tư mở rộng sản xuất kinh doanh là 46,6 tỷ đồng; các trường hợp khác là 135,6 tỷ đồng. 6 tháng đầu năm 2010 tiếp nhận 84 hồ sơ và xử lý 73 hồ sơ với số tiền HT gần 117 tỷ đồng với số HT cho xuất khẩu 12,1 tỷ đồng; đầu tư mới là 46 tỷ đồng, còn lại là các trường hợp khác. Số hồ sơ chưa xử lý không đáng kể với lý do chủ yếu là không đủ điều kiện để giải quyết HT. Vào thời điểm năm 2009, trong lúc các DN tiếp tục gặp khó khăn trong sản xuất, kinh doanh thì công tác hoàn thuế đã góp phần không nhỏ về vốn cho các doanh nghiệp.
Chính sách HT sẽ đem lại lợi ích thiết thực đối với các DN thực hiện nghiêm túc các chính sách pháp luật về thuế. Song cũng không tránh khỏi một số DN sẽ lợi dụng để được HT. Để quản lý chặt chẽ các cơ sở kinh doanh được HT đúng đối tượng (vì thực tế số hoàn thuế GTGT rất cao), Cục Thuế tỉnh đã có nhiều cố gắng trong việc cải tiến quy trình hoàn thuế nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho DN đến đề nghị được hoàn thuế. Vì vậy, sau khi phân loại hồ sơ tại Bộ phận “một cửa” (nếu hồ sơ không đủ điều kiện thì không tiếp nhận); nếu đủ điều kiện thì gửi đến Phòng Kê khai để kiểm tra phân loại đối tượng. Đối với những doanh nghiệp có truyền thống chấp hành chính sách thuế tốt sẽ chuyển cho Phòng Tổng hợp nghiệp vụ dự toán thẩm định, nếu được sẽ giải quyết ngay; những DN thường gian lận, trốn lậu thuế tiếp tục được chuyển hồ sơ sang Phòng Kiểm tra để đề nghị lãnh đạo Cục Thuế ra quyết định kiểm tra tại DN, sau đó lại chuyển cho Phòng Tổng hợp nghiệp vụ dự toán thẩm định lại. Bên cạnh đó, các Phòng chuyên môn còn phối hợp với Phòng Quản lý thu nợ để thu nợ đối với những DN còn nợ đọng thuế, sau khi được hoàn thuế sẽ chuyển sang thu nợ ngay (qua hình thức này Cục Thuế đã thu được hàng tỷ đồng nợ thuế).
Theo quy định, thời gian HT (đói với trường hợp HT trước kiểm tra sau) tính từ khi nhận hồ sơ đến khi giải quyết xong chỉ trong 15 ngày. Nếu việc HT chậm liên quan đến khâu nào, cá nhân nào thì người đó phải chịu kỷ luật và phải đền bù cho DN theo lãi suất ngân hàng. Trong khi đó, để rà soát, phân loại, quyết định doanh nghiệp có đủ điều kiện hoàn thuế hay không lại liên quan đến nhiều phòng chức năng. Vì vậy, đòi hỏi tinh thần trách nhiệm của mỗi cán bộ thuế ở đây rất cao. Ban lãnh đạo Cục Thuế đã phân công một đồng chí Phó Cục trưởng Cục Thuế phụ trách trực tiếp công tác này và thường xuyên có sự chỉ đạo sát sao để các bộ phận hoạt động một cách đồng bộ, thông suốt khi xử lý hồ sơ hoàn thuế. Bên cạnh đó, đội ngũ cán bộ thuế thường xuyên học tập để nâng cao kiến thức để có chuyên môn sâu, nhận biết, phát hiện nhanh số hoàn thuế chưa đúng quy định. Nhờ đó mà số thuế các DN đề nghị được hoàn thuế rất cao nhưng Cục Thuế chỉ chấp nhận HT theo số liệu nêu trên. Riêng năm 2009 số thuế không được HT là 1 tỷ 379 triệu đồng; 6 tháng đầu năm 2010 con số không được HT là 791 triệu đồng do doanh nghiệp kê khai thuế đầu vào không đúng quy định. Cũng chính vì vậy, các hồ sơ do DN gửi đến, Cục Thuế đã tiếp nhận đều được giải quyết đúng hạn; thậm chí nhiều hồ sơ còn rút ngắn thời gian tới vài ngày so với quy định.
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, vẫn còn một số DN chưa nắm được các chính sách chế độ liên quan đến các quy định về kê khai, khấu trừ thuế GTGT, các hồ sơ thủ tục HT. Vì vậy, hồ sơ khai thuế chưa đúng theo mẫu quy định, hoặc chưa kê khai đầy đủ các mục như chữ ký, chức danh. Vì vậy, các DN cần đến Bộ phận “một cửa” của cơ quan thuế các cấp để được hướng dẫn, tránh phải làm lại hồ sơ nhiều lần và đẩy nhanh thời gian giải quyết HT cho doanh nghiệp. Công tác HT thời gian qua tuy đã thực hiện khá tốt, song Cục Thuế sẽ tăng cường công tác hậu kiểm 100% các trường hợp đã hoàn thuế để chống thất thu cho ngân sách Nhà nước và chống gian lận trong hoàn thuế.