Theo bản kết luận mới nhất của cơ quan điều tra (C37) Bộ Công an, nguyên Tổng Giám đốc Tổng công ty vật tư nông nghiệp Trần Văn Khánh đã khai nhận các hành vi phạm tội của mình trước sự chứng kiến của đại diện Viện kiểm sát nhân dân tối cao và các luật sư bảo vệ quyền lợi cho mình.
Để chiếm hưởng số tiền trên, Trần Văn Khánh đã chỉ đạo Phó Tổng giám đốc Phạm Văn Hiền ký 2 hợp đồng thuê xe ôtô. Ngày 9/3/2003, ký thuê một xe ôtô của Công ty Thành Lợi, với giá 49.500.000 đồng/tháng. Đến 21/10/2004 Trần Văn Khánh và Nguyễn Văn Hiếu ký biên bản thanh lý hợp đồng, xác định Tổng công ty vật tư nông nghiệp đã thuê xe 17 tháng và đã trả đủ số tiền thuê xe là 841.500.000 đồng; ký hợp đồng mua bán và thuê khống một xe khác để Khánh rút số tiền 1.121.684.000 đồng.
Khánh và Nguyễn Văn Hiếu còn thông đồng ký hợp đồng cho thuê khách sạn 120 Quán Thánh thấp hơn giá thực tế để chiếm hưởng 1,725 tỷ đồng; ký hợp đồng mua bán khống 5.995 tấn phân urea và 4.941 tấn phân urea giá thấp hơn thực tế 185 triệu đồng/tấn, theo đó Khánh chiếm hưởng 1,573 tỷ đồng, Hiếu chiếm hưởng 90 triệu đồng.
Hiếu khai đã nộp thuế VAT hết 45 triệu, gia đình Hiếu đã nộp lại 45 triệu đồng để khắc phục hậu quả. Với các vi phạm trên, Trần Văn Khánh và Nguyễn Văn Hiếu bị đề nghị truy tố tội tham ô tài sản.
Ngoài ra, Trần Văn Khánh và Phạm Văn Hiền còn phạm tội cố ý làm trái các quy định của Nhà nước gây hậu quả nghiêm trọng qua hành vi ký hợp đồng thuê xe ôtô vượt tiêu chuẩn gây thiệt hại cho Nhà nước 1.649.500.000 đồng. Bị can Hiền được tại ngoại từ ngày 28/3/2008. Bị can Trần Văn Khánh bị bắt tạm giam từ ngày 30/11/2007.
Các bị can nêu trên đang bị xem xét để truy tố trước pháp luật trong thời gian tới.