Sau 10 năm thực thi, Pháp lệnh bảo vệ và kiểm dịch thực vật đã khẳng định sự cần thiết của quản lý nhà nước về lĩnh vực này. Tuy nhiên, Pháp lệnh cũng bộc lộ một số hạn chế là chưa đáp ứng được những đòi hỏi của hoạt động quản lý nhà nước trong điều kiện phát triển nền kinh tế thị trường.
5 nguyên tắc cơ bản trong hoạt động bảo vệ và kiểm dịch thực vật đã được quy định cụ thể trong dự luật gồm: Bảo vệ và kiểm dịch thực vật bảo đảm phát hiện sớm, kết luận nhanh chóng, chính xác sinh vật gây hại; xử lý triệt để, ngăn chặn kịp thời sự xâm nhập, lan rộng của sinh vật gây hại; bảo đảm thuận lợi hóa thương mại và đáp ứng yêu cầu hội nhập quốc tế. Phòng chống sinh vật gây hại thực hiện theo phương châm phòng là chính, sử dụng đồng bộ các biện pháp phòng chống sinh vật gây hại trong đó ưu tiên các biện pháp sinh học.
Một trong những nguyên tắc được coi rất quan trọng trong vấn đề bảo vệ thực vật là hạn chế sử dụng thuốc bảo vệ thực vật, từng bước loại bỏ thuốc bảo vệ thực vật độc hại cao cho con người và môi trường. Đi cùng với nguyên tắc này, việc sử dụng thuốc bảo vệ thực vật đúng phải quy định bảo đảm an toàn cho người, động vật, thực vật, môi trường và an toàn thực phẩm đối với thực vật, sản phẩm thực vật sử dụng làm thực phẩm, dược phẩm trong sản xuất nông, lâm ngư nghiệp....
Về chính sách trong hoạt động bảo vệ và kiểm dịch thực vật, Dự thảo thể hiện rõ: Nhà nước đầu tư, hỗ trợ cho các hoạt động bảo vệ và kiểm dịch thực vật, Nhà nước đảm bảo nguồn lực để thực hiện các cam kết quốc tế trong lĩnh vực bảo vệ và kiểm dịch thực vật.
Nhà nước có chính sách khuyến khích thực hiện các hoạt động đầu tư, nghiên cứu, ứng dụng khoa học kỹ thuật trong sản xuất, kinh doanh và sử dụng thuốc bảo vệ thực vật sinh học và các biện pháp phòng trừ khác thân thiện với môi trường và đảm bảo an toàn thực phẩm, quy hoạch và xây dựng các vùng không nhiễm dịch hại.
Dự thảo nhấn mạnh chính sách đầu tư của Nhà nước về nghiên cứu, ứng dụng công nghệ sinh học hiện đại để chọn tạo, sử dụng giống cây trồng có sức chống chịu cao đối với sinh vật gây hại trong sản xuất nông nghiệp hạn chế việc sử dụng thuốc bảo vệ thực vật.
Cũng theo Dự thảo, hệ thống cơ quan bảo vệ và kiểm dịch thực vật được tổ chức từ trung ương đến cấp huyện ở cấp xã bố trí cán bộ làm về bảo vệ thực vật. Giao Chính phủ quy định về tổ chức hệ thống này và cán bộ làm về bảo vệ thực vật ở cấp xã để đảm bảo hoạt động bảo vệ và kiểm dịch thực vật đến tận cấp cơ sở.
Dự thảo quy định trách nhiệm quản lý nhà nước về bảo vệ và kiểm dịch thực vật của Chính phủ, của Bộ Nông nghiệp và PTNT. Đối với của các bộ, ngành có liên quan quy định cụ thể các nhiệm vụ phải tham gia trong lĩnh vực này. Quy định Ủy ban nhân dân các cấp xây dựng và tổ chức thực hiện quy hoạch vùng không nhiễm sinh vật gây hại, bố trí nguồn lực, tổ chức bồi dưỡng nâng cao chất lượng nhân lực cho công tác bảo vệ và kiểm dịch thực vật trên địa bàn.
Theo Bộ Tư pháp, Dự án Luật bảo vệ và kiểm dịch thực vật đã được chuẩn bị công phu có nội dung, bao quát được các vấn đề phát sinh liên quan đến hoạt động bảo vệ và kiểm dịch thực vật của nước ta.
Tuy nhiên, vẫn còn một số quy định cần phải được tiếp tục nghiên cứu và hoàn chỉnh dự án Luật để đảm bảo tính khả thi của Luật.
Bộ Tư pháp đề nghị Cơ quan chủ trì soạn thảo chủ trì, phối hợp với Bộ Tư pháp và Văn phòng Chính phủ hoàn chỉnh lại dự án Luật trước khi trình Chính phủ.