Vòng loại giải U19 quốc gia năm 2013 sẽ có sự tham gia của 23 đội bóng, được chia làm 4 bảng đấu.
Các đội U19 đến từ các Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch, CLB, Trung tâm đào tạo bóng đá, tăng hai đội so với mùa giải trước. Theo Điều lệ thi đấu mới được BTC công bố, 23 đội bóng được chia thành 4 bảng.
Bảng A: Sông Lam Nghệ An, CLB Hà Nội, Than Quảng Ninh, T&T VSH, Vicem Hải Phòng. (gồm 5 đội, CLB Sông Lam Nghệ An đăng cai tổ chức)
Bảng B: Huế, Hà Nội T&T, Nam Định, SHB Đà Nẵng, Thanh Hóa, Viettel. (gồm 6 đội, đoàn bóng đá Thừa Thiên Huế)
Bảng C: Hoàng Anh Gia Lai, Bình Định, Đồng Nai, Khatoco Khánh Hòa, Tây Ninh, TDC Bình Dương. (gồm 6 đội, CLB Hoàng Anh Gia Lai)
Bảng D: TP HCM, An Giang, Đồng Tâm Long An, Kiên Giang, TĐCS Đồng Tháp, XSKT Cần Thơ. (gồm 6 đội, Trung tâm Thể Thao Thống Nhất)
Các đội sẽ thi đấu vòng tròn hai lượt tính điểm, xếp hạng ở mỗi bảng để chọn 8 đội vào thi đấu ở vòng chung kết, trong đó có 4 đội xếp thứ nhất và 4 đội xếp thứ nhì của 4 bảng.
8 đội xuất sắc lọt vào vòng chung kết sẽ chia thành hai nhóm A và B, thi đấu vòng tròn một lượt, chọn hai đội đứng đầu mỗi nhóm vào thi đấu bán kết. Hai đội thua bán kết đồng xếp hạng ba, hai đội thắng bán kết sẽ thi đấu trận chung kết.
Đội vô địch sẽ nhận Cup, HC vàng và tiền thưởng 50 triệu đồng; Đội thứ nhì nhận HC bạc và tiền thưởng 30 triệu đồng. Hai đội đồng giải ba nhận HC đồng và tiền thưởng 20 triệu đồng mỗi đội. Ngoài ra, BTC còn trao thưởng cho đội phong cách, giải cầu thủ xuất sắc, giải cầu thủ ghi bàn thắng nhiều nhất và giải thủ môn xuất sắc.
Theo kế hoạch, vòng loại sẽ diễn ra từ 15 đến 30/1/2013 (lượt đi) và từ 21/2 đến 6/3/2013 (lượt về). Vòng chung kết được tổ chức từ ngày 14 đến 23/3/2013. Địa điểm tổ chức vòng chung kết sẽ do BTC quyết định sau khi kết thúc vòng loại.