Nhiều di sản khảo cổ học có quy mô lớn ở nước ta đã và đang được được phát hiện, khai quật và nghiên cứu khảo cổ học, trong đó, có những di sản có giá trị lịch sử - văn hóa cao, mang tầm thế giới. Tuy nhiên, trong quá trình khai quật, vấn đề nghiên cứu bảo tồn và phát huy giá trị sau khai quật cũng đang bộc lộ rất nhiều bất cập.
Di sản khảo cổ học là những phần còn lại vô cùng quý giá của lịch sử dân tộc; là kho tàng sống động, phong phú và đa dạng về những giá trị gốc của lịch sử, văn hóa và tri thức cổ xưa với những sắc thái độc đáo, riêng biệt; là nguồn sử liệu vật chất quý báu, cung cấp cơ sở khoa học xác thực trong việc làm sáng rõ hơn giá trị lịch sử, văn hóa của dân tộc qua hàng nghìn năm dựng nước và giữ nước. Chính vì vậy, việc bảo tồn loại hình di sản này rất khắt khe, đòi hỏi tuân thủ những chuẩn mực khoa học và đạo đức nghề nghiệp, phải bảo đảm bảo tồn tính nguyên gốc của di tích dựa trên kết quả khai quật, nghiên cứu khoa học. Hiện nay, công tác bảo tồn thường thực hiện theo hai phương pháp chính: đóng lại di tích bằng lấp cát (bảo tồn di tích đó dưới lòng đất như nguyên trạng, che phủ lớp đất cát lên trên) và làm nhà mái che bảo vệ (nhà mái che tạm thời hoặc nhà bảo tàng hiện đại trong tương lai, gọi là bảo tàng tại chỗ).
Bên cạnh hai phương pháp bảo tồn nói trên, tùy theo tính chất và giá trị của khu di tích, các nhà quản lý văn hóa và chính quyền địa phương còn đưa ra giải pháp phát huy giá trị di tích khảo cổ học bằng cách “phục dựng” hoặc “trùng tu, tôn tạo” các di tích nhằm mục đích phát triển kinh tế, văn hóa, xã hội. Thực tế các giải pháp này hiện nay không phải là bảo tồn mà làm mới di tích theo cách “nhận thức” nhất thời của những nhà quản lý ở các địa phương, do không có tính chuyên nghiệp, không tuân theo những chuẩn mực khoa học mà chỉ vì các mục tiêu khác khiến các giá trị gốc của di tích có phần sai lệch, biến dạng.
Trong trường hợp lấp hố bảo tồn, di tích sẽ không có điều kiện trưng bày, quảng bá giá trị di tích, nhưng ưu điểm của nó là sẽ được bảo vệ nguyên vẹn dưới lòng đất, không bị hư hại, biến dạng bởi tác động của môi trường và con người. Mục đích lấp lại di tích sau khai quật trong bối cảnh này là để khi nào có đủ điều kiện về bảo tồn và phát huy giá trị thì sẽ tái điều tra khai quật và nghiên cứu khảo cổ học. Trong trường hợp bảo tồn bằng nhà mái che như bảo tồn các di tích cung điện Lý - Trần - Lê ở khu di tích Hoàng thành Thăng Long tại 18 Hoàng Diệu (Hà Nội), do tính chất và tầm quan trọng đặc biệt của khu di tích đang lộ thiên dưới lòng đất, cho nên kể từ khi khu di tích trở lại thành Di sản văn hóa thế giới, các nhà quản lý hy vọng sẽ xây dựng nơi đây thành một bảo tàng ngoài trời hoành tráng. Song, cho đến nay đã 15 năm, nhà mái che tạm này vẫn tồn tại như là minh chứng của năm tháng khai quật khảo cổ trên công trường. Ở các di tích dưới nhà mái che khác như di tích văn hóa Óc Eo tại Đồng Tháp, An Giang hay một số nơi khác trong nước cũng đang đối mặt rất nhiều khó khăn, thách thức về bảo tồn. Các nhà mái che thực ra chỉ mang tính tạm thời, không có khả năng duy trì môi trường ổn định và chưa có giải pháp khoa học về bảo tồn, do đó đang làm hủy hoại di tích lộ thiên. Trong khi đó, bảo tồn bằng việc xây dựng công trình kiến trúc mới bên cạnh di tích vừa mới khai quật có thể vừa bảo vệ được nguyên vẹn di tích cũ, vừa có di tích mới để phát huy, nhưng các nhà nghiên cứu cũng lưu ý là cách làm này đã phá vỡ cảnh quan của di tích cũ, nhất là phá vỡ các yếu tố phong thủy phương Đông mà các kiến trúc xưa thường chú ý là hàng đầu. Về giải pháp xây dựng công trình mới chồng lên di tích hoặc di tích nằm dưới tầng hầm của kiến trúc mới cũng giúp địa phương có di tích mới và phát huy được giá trị di tích cổ dưới lòng đất. Chỉ có điều, nếu không thiết kế đẹp và không có các giải pháp bảo tồn cấp thiết thì di tích dưới tầng hầm cũng bị xuống cấp và không phát huy được giá trị. Trường hợp tầng hầm, bảo vệ tháp gạch chùa Phật Tích là một minh chứng cụ thể khi phần nào chưa đáp ứng được việc phát huy di tích về thiết kế, trong khi di tích vẫn xuống cấp, đòi hỏi tiếp tục phải có giải pháp bảo tồn.
Theo các nhà nghiên cứu, đáng quan ngại nhất trong các giải pháp bảo tồn di tích sau khai quật là hướng xây dựng mới hoàn toàn bao trùm lên di tích khảo cổ. Điển hình là chùa Ngọa Vân đã được Viện Khảo cổ học khai quật đã làm xuất lộ toàn bộ nền móng còn nguyên vẹn, xác định rõ hình thái cấu trúc có niên đại thuộc thời Lê Trung hưng. Quá trình chuẩn bị xây dựng lại chùa Ngọa Vân đã được giới khoa học góp ý theo phong cách thời Lê Trung hưng. Nhưng sau đó một thời gian, khi các nhà khoa học quay trở lại thì một ngôi chùa mới đã được dựng lên và không còn một chút nào dấu tích của ngôi chùa nổi tiếng 400 năm tuổi của Thiền phái Trúc Lâm. Các di tích bên dưới ngôi chùa mới được xử lý thế nào, các nhà quản lý, các nhà khoa học đều không biết. Hướng giải pháp xây mới theo kiểu “ý chí” này đã che lấp hoặc phá hủy toàn bộ những nền móng cổ có giá trị lâu đời để xây mới một kiến trúc không có một chút giá trị nào về lịch sử, văn hóa.
Qua những hướng giải pháp bảo tồn nêu trên, có thể thấy, không phải bao giờ cũng có được lời giải đúng đắn về vấn đề bảo tồn và phát huy giá trị di tích sau khai quật mà nguyên nhân từ thực tế ở nước ta là do xuất phát từ nhận thức lệch lạc, đặc biệt là không coi trọng công tác nghiên cứu khoa học, thiếu hiểu biết về khoa học bảo tồn, thiếu phương pháp và tính sáng tạo trong quảng bá giá trị di sản. Theo các nhà nghiên cứu và giới chuyên môn, các cấp quản lý có thẩm quyền, nhất là lãnh đạo Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch nên chỉ đạo rà soát tổng thể thực trạng việc trùng tu, xây dựng mới các di tích sau khai quật, tham khảo kinh nghiệm quốc tế để đưa ra các giải pháp, các quy chế nghiên cứu, bảo vệ, bảo tồn, trùng tu, xây dựng cải tạo mới đối với các di tích khảo cổ sau khi khai quật; có quy định kiểm soát, giám sát chặt chẽ của các cơ quan quản lý và các nhà khoa học, tương ứng các cấp độ di tích, để có thể bảo vệ một cách tốt nhất giá trị của các di tích gốc theo quy định của Luật Di sản văn hóa, Nghị định của Chính phủ, các Hiến chương và Công ước bảo vệ di sản của UNESCO.