Phần lớn các trường được lựa chọn trong số 20 trường ĐH tham gia kiểm định thí điểm là những trường ĐH thuộc tốp trên của Việt Nam nhưng những kết quả cho thấy còn nhiều khiếm khuyết cần phải đầu tư khắc phục mới có thể theo kịp các trường ĐH của các nước khác ở trong khu vực và trên thế giới.
Nguyên nhân khiến chất lượng giáo dục ĐH Việt Nam còn hạn chế do: các tiêu chuẩn đảm bảo chất lượng trong giáo dục ĐH chưa cụ thể và không rõ ràng, chưa có quy định cụ thể về kiến thức, kỹ năng cũng như thái độ cần thiết cho từng trình độ đào tạo, thiếu tiêu chuẩn giảng viên.
Mặt khác, chưa chú trọng đến nhiệm vụ nghiên cứu khoa học trong các trường ĐH. Nhiều đề tài khoa học và công nghệ chỉ dừng lại ở kết quả nghiên cứu lý thuyết, không có điều kiện chế tạo thử và đưa vào sản xuất...Các điều kiện đảm bảo chất lượng còn nhiều hạn chế. Thiếu các nhà khoa học đầu ngành trong các trường ĐH. Đội ngũ nhà giáo và cán bộ quản lý giáo dục còn thiếu về số lượng, hạn chế về trình độ và chưa đồng bộ về cơ cấu. Cơ chế tài chính, đầu tư cơ sở vật chất và chế độ học phí còn bất cập. Đất đai, khuôn viên của nhiều trường đại học, kể cả các trường trọng điểm chưa đáp ứng được yêu cầu.
Để nâng chất lượng giáo dục ĐH, trong năm 2008, Bộ GD-ĐT sẽ xây dựng tiêu chuẩn cụ thể trong việc tuyển chọn và sàng lọc giảng viên. Đồng thời, thí điểm áp dụng tiêu chuẩn đánh giá và xếp hạng các trường ĐH thông qua các tiêu chí đảm bảo chất lượng có định lượng. Các trường ĐH có trách nhiệm tham gia vào hoạt động này. Ban hành tiêu chí phân cấp trường ĐH, thực hiện việc phân cấp đối với các trường ĐH trọng điểm...·
