Kỳ thi tốt nghiệp phổ thông trung học năm 2009 được tổ chức từ 2-4/6/2009 gồm 6 môn thi bắt buộc: Văn, Toán, Ngoại ngữ, Vật lý, Sinh học, Địa lý. Những thí sinh học môn Ngoại ngữ không đủ 3 năm được thi thay thế bằng môn Lịch sử.
Theo công bố của Bộ Giáo dục và Đào tạo về 6 môn thi tốt nghiệp trung học phổ thông năm 2009, có 3 trong 6 môn thi theo hình thức trắc nghiệm, gồm: Ngoại ngữ, Vật lý, Sinh học.
Thí sinh thi môn Ngoại ngữ được chọn 1 trong các thứ tiếng: Anh, Nga, Pháp, Trung Quốc, Đức, Nhật.
Đối với hệ Bổ túc, 6 môn thi tốt nghiệp gồm: Văn, Toán, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Địa lý.
Thời gian làm bài thi Văn và Toán là 150 phút. Các môn thi trắc nghiệm có thời gian làm bài là 60 phút và môn còn lại là 90 phút.
Cấu trúc đề thi tốt nghiệp trung học phổ thông mỗi môn gồm 2 phần, phần chung được ra cho tất cả thí sinh, không phân biệt giữa chương trình chuẩn và chương trình nâng cao; phần riêng yêu cầu thí sinh học chương trình nào (chương trình chuẩn hoặc chương trình nâng cao) làm phần riêng của đề thi tương ứng với chương trình đó.
Hiện, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã đưa tài liệu hướng dẫn ôn tập tốt nghiệp trung học phổ thông năm 2009 lên mạng để giúp học sinh chuẩn bị tốt kiến thức, kỹ năng và tâm lý trước khi bước vào kỳ thi quan trọng này.
Đây cũng là năm đầu tiên Bộ Giáo dục và Đào tạo tiến hành thi tốt nghiệp phổ thông trung học theo cụm và đổi chéo việc chấm bài thi tự luận giữa các địa phương và phân định rõ trách nhiệm của giám thị ngoài phòng thi, tăng cường thanh tra của Bộ ở những nơi không có điều kiện tổ chức thi theo cụm. Dự kiến, sẽ có 10.000 thanh tra ủy quyền của Bộ được điều động từ các trường đại học, cao đẳng. Trong các cụm thi từ 3 trường trở lên, bình quân 6 phòng thi có một thanh tra Bộ, cụm thi 2 trường, bình quân 5 phòng thi sẽ có một thanh tra Bộ.
