“Tích hợp” là nói đến phương pháp và mục tiêu của hoạt động dạy học, còn “liên môn” là đề cập tới nội dung dạy học. Để đảm bảo hiệu quả của dạy liên môn thì phải hướng tới mục tiêu tích hợp.
Ở mức độ thấp thì dạy học tích hợp mới chỉ là lồng ghép những nội dung giáo dục có liên quan vào quá trình dạy học một môn học như: Lồng ghép giáo dục đạo đức, lối sống; giáo dục pháp luật; giáo dục chủ quyền quốc gia về biên giới, biển, đảo; giáo dục sử dụng năng lượng tiết kiệm và hiệu quả, bảo vệ môi trường, an toàn giao thông... Mức độ tích hợp cao hơn là phải xử lý các nội dung kiến thức trong mối liên quan với nhau, bảo đảm cho học sinh vận dụng được tổng hợp các kiến thức đó một cách hợp lý để giải quyết các vấn đề trong học tập, trong cuộc sống, đồng thời tránh việc học sinh phải học lại nhiều lần cùng một nội dung kiến thức ở các môn học khác nhau. Chủ đề liên môn là những chủ đề có nội dung kiến thức liên quan đến hai hay nhiều môn học, thể hiện ở sự ứng dụng của chúng trong cùng một hiện tượng, quá trình trong tự nhiên hay xã hội. Ví dụ: Kiến thức môn Vật lý và Kỹ thuật trong động cơ, máy phát điện; kiến thức Vật lý và Hóa học trong nguồn điện hóa học; kiến thức Lịch sử và Địa lý trong chủ quyền biển, đảo; kiến thức Ngữ văn và Giáo dục công dân trong giáo dục đạo đức, lối sống…
Theo nhận định của các nhà chuyên môn, khó khăn của giáo viên khi dạy tích hợp, liên môn không nằm nhiều ở vấn đề nội dung mà ở vấn đề phương pháp dạy học. Dạy học theo chủ đề tích hợp, liên môn đòi hỏi giáo viên phải có năng lực trong tổ chức hoạt động học tích cực, tự lực và sáng tạo cho học sinh, mà các hoạt động ấy phải được tổ chức ở trong lớp, ngoài lớp, trong trường, ngoài trường, ở nhà và cộng đồng, đặc biệt quan tâm đến hoạt động thực hành và ứng dụng kiến thức vào giải quyết những vấn đề thực tiễn. Nếu trong dạy học đơn môn, giáo viên đã sử dụng được các phương pháp và kỹ thuật dạy học tích cực để tổ chức hoạt động học của học sinh, thay vì dạy học theo lối truyền thụ kiến thức thì khó khăn này có thể vượt qua.
Giáo viên cần phải trang bị thêm mặt kiến thức về những chủ đề tích hợp, liên môn, nhất là tìm hiểu về những ứng dụng của kiến thức liên môn vào giải quyết các tình huống thực tiễn. Mặt khác, thông qua sinh hoạt tổ/nhóm chuyên môn trong nhà trường, mỗi giáo viên cần phải tích cực tham gia xây dựng các chủ đề dạy học; xác định những năng lực có thể phát triển cho học sinh trong mỗi chủ đề; biên soạn các câu hỏi, bài tập để đánh giá năng lực của học sinh trong dạy học; thiết kế tiến trình dạy học thành các hoạt động học của học sinh; tổ chức dạy học để dự giờ, phân tích, rút kinh nghiệm. Qua các hoạt động chuyên môn đó, năng lực chuyên môn của mỗi giáo viên từng bước được nâng cao, đáp ứng được yêu cầu của đổi mới giáo dục, trong đó dạy học tích hợp, liên môn là xu hướng tất yếu.