T.X Phổ Yên hiện có 328 thôn xóm, tổ dân phố (TDP). Rà soát theo tiêu chí của Bộ Nội vụ, chỉ có 81 đơn vị có quy mô số gia đình đạt chuẩn theo quy định; trong khi có tới 60 thôn xóm, TDP quy mô số hộ dưới 50% theo quy định; 187 thôn xóm, TDP đạt từ 50% quy mô số hộ trở lên.
Năm 2019 này, Phổ Yên sẽ thực hiện sáp nhập 56 thôn xóm, TDP để thành lập 25 thôn xóm, TDP mới (giảm được 31 đơn vị). Riêng 2 xóm Ấp Lươn và Đồng Muối của xã Phúc Thuận tuy không đủ 50% số hộ theo tiêu chí nhưng địa phương xin không sáp nhập do có đặc thù địa hình chia cắt, cộng đồng dân cư mang bản sắc văn hóa riêng.
Đến thời điểm này, các xã, phường trên địa bàn đã hoàn thành việc lấy ý kiến nhân dân, lập hồ sơ trình HĐND cấp xã thông qua và tiếp tục trình UBND thị xã để thực hiện các bước tiếp theo.
Theo kế hoạch, trong giai đoạn 2020-2021, T.X Phổ Yên dự kiến sáp nhập thêm 23 TDP; giai đoạn 2021-2026 tiếp tục sáp nhập thêm 37 xóm.