Đến chiều 5/11, hoạt động vận tải đường bộ tại Hà Nội gần như đã được khôi phục hoàn toàn, sau khi nước úng ngập đã rút hết trên các tuyến đường, ngoại trừ tại bến xe Giáp Bát vẫn ngập sâu.
Tại các bến xe khác không bị ngập hoặc ngập ít như Gia Lâm, Mỹ Đình và Bến xe Nước ngầm, lượng khách ra vào cũng giảm đáng kể trong những ngày mưa lụt, do các tuyến đường xung quanh bị ngập nặng (lượng xe giảm từ 50% đến 60%). Đến 5/11, hoạt động tại những bến nói trên đều cơ bản bình thường trở lại.
Theo Tổng công ty Vận tải Hà Nội, đợt mưa vừa qua đã làm 31 xe buýt và 10 xe khách liên tỉnh bị hỏng. Tuy nhiên, để đáp ứng nhu cầu của hành khách, Tổng công ty đã điều động xe linh hoạt theo các luồng tuyến.
Về vận tải đường sắt, ông Nguyễn Hữu Tuyên, Trưởng Ban Kinh doanh Vận chuyển Tổng công ty Đường sắt, cho biết từ đêm 5/11, ngành bắt đầu thông đường tuyến đường sắt Bắc-Nam, trong điều kiện nước ngập tại ga đường sắt Giáp Bát đã rút đủ để tàu chạy qua.
Theo ông Tuyên, bước đầu, tàu SE6 sẽ chạy từ phía Nam về thẳng ga Hà Nội và tàu Thống Nhất SE3 chạy từ ga Hà Nội đi vào phía Nam. Tuy nhiên, các tàu khác vẫn phải chuyển tải bằng ô tô từ ga Văn Điển về ga Hà Nội và ngược lại.