Có 14 phòng xét nghiệm khắp cả nước đủ điều kiện và được Bộ Y tế cho phép chẩn đoán virus cúm A/H1N1.
Ngày 5/10/2009, Bộ trưởng Bộ Y tế đã ban hành Quyết định số 3722/QĐ-BYT công nhận phòng xét nghiệm được phép chẩn đoán xác định virus cúm A/H1N1. Cụ thể như sau:
Khu vực phía Bắc:
- Phòng xét nghiệm Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương;
- Phòng xét nghiệm Viện Các bệnh truyền nhiễm và nhiệt đới Quốc gia;
- Phòng xét nghiệm Bệnh viện Nhi Trung ương;
- Phòng xét nghiệm Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh Thái Bình;
- Phòng xét nghiệm Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh Thanh Hoá;
- Phòng xét nghiệm Đại học Y Thái Bình;
- Phòng xét nghiệm Bệnh viện 198 Bộ Công an.
Khu vực miền Trung và Tây Nguyên:
- Phòng xét nghiệm Viện Vệ sinh dịch tễ Tây Nguyên;
- Phòng xét nghiệm Viện Pasteur Nha Trang;
- Phòng xét nghiệm Bệnh viện đa khoa Trung ương Huế.
Khu vực miền
- Phòng xét nghiệm Viện Pasteur Thành phố Hồ Chí Minh;
- Phòng xét nghiệm Bệnh viện Nhiệt đới Thành phố Hồ Chí Minh;
- Phòng xét nghiệm Bệnh viện Nhi đồng 1;
- Phòng xét nghiệm Bệnh viện Nhi đồng 2.
Các phòng xét nghiệm khác có hệ thống PCR đang hoàn thiện để được phép chẩn đoán xác định vi rút cúm A/H1N1.