Công đoàn (CĐ) Trường Đại học Y Dược Thái Nguyên hiện có 6 tổ CĐ với 506 đoàn viên. Trong những năm qua, CĐ Nhà trường đã từng bước đổi mới phương thức hoạt động, tập trung giáo dục cán bộ viên chức (CBVC), đoàn viên tích cực tham gia đóng góp xây dựng chiến lược của Trường; chăm lo, bảo vệ quyền lợi hợp pháp chính đáng cho đoàn viên.
Công đoàn Nhà trường luôn coi trọng công tác tuyên truyền và tổ chức thực hiện nghiêm túc các chỉ thị, nghị quyết của Đảng, Nhà nước và của ngành. Quy chế dân chủ cơ sở được thực hiện nghiêm túc thông qua Hội nghị đại biểu CBVC được tổ chức hàng năm từ cấp cơ sở đến cấp trường. Tại hội nghị này, những biện pháp hữu hiệu đã được CBVC đóng góp với tư duy mới, sự tâm huyết, tinh thần trách nhiệm cao và vì sự ổn định và phát triển bền vững của trường. Tổ chức CĐ đã có nhiều giải pháp trong việc động viên đoàn viên tích cực học tập, nghiên cứu khoa học để nâng cao chất lượng, hiệu quả đào tạo của Nhà trường.
Chỉ tính riêng giai đoạn 2010-2012 đã có 201 đề tài cấp cơ sở, 21 đề tài cấp đại học và 2 đề tài cấp bộ được CBVC CĐ Nhà trường thực hiện. Ngoài nhiệm vụ chuyên môn, CĐ giữ vai trò chủ động tích cực, đóng góp hiệu quả vào công tác chăm lo đời sống vật chất, tinh thần cho CBVC và người lao động thông qua việc phối hợp với chính quyền nâng cao điều kiện làm việc và tăng thu nhập cho người lao động trung bình đạt 1,5 triệu đồng/người/tháng. Những trường hợp ốm đau, thai sản… được thăm hỏi, động viên kịp thời. Trong 2 năm qua, số tiền thăm hỏi, trợ cấp khó khăn đối với CBVC, người lao động lên tới trên 96 triệu đồng.
Bên cạnh đó, CĐ còn vận động được đông đảo đoàn viên tham gia tích cực các hoạt động xã hội, từ thiện nhân đạo do Ủy ban MTTQ tỉnh, LĐLĐ tỉnh và địa phương tổ chức. Chỉ tính riêng năm học 2011-2012, Trường đã ủng hộ trên 209 triệu đồng, 2.445 quần áo, 1.478 quyển sách, vở, 403 bút viết và nhiều đồ dùng học tập cho học sinh có hoàn cảnh khó khăn. Trên tinh thần mỗi tập thể gắn với một địa chỉ nhân đạo, Trường Đại học Y Dược tích cực tham gia ủng hộ, giúp đỡ người dân xã La Hiên (Võ Nhai) xây cầu; phát thuốc, khám chữa bệnh miễn phí cho người dân, thăm hỏi và tặng quà các gia đình chính sách xã Văn Hán (Đồng Hỷ).
Trong không khí thi đua sôi nổi lập thành tích chào mừng Đại hội CĐ ĐHTN khóa IV, nhiệm kỳ 2012-2017, CĐ Trường đã tổ chức khám, chữa bệnh cho 300 người dân; tặng120 suất quà cho các hộ gia đình có hoàn cảnh khó khăn. Đây là một nghĩa cử cao đẹp, thể hiện tấm lòng nhân ái, thực hiện theo lời dạy của Bác: "Thầy thuốc như mẹ hiền".
Với sự nỗ lực của Ban Chấp CĐ, đoàn viên, 2 năm qua, đã có 18 lượt tổ CĐ và CĐ bộ phận của trường đạt “tập thể CĐ vững mạnh”; 3 cá nhân được Liên đoàn Lao động tỉnh tặng Bằng khen; 2 cá nhân được Tổng Liên đoàn Lao động tặng Bằng khen.