Quyết định về cơ cấu tổ chức của Trưởng Ban Nội chính Trung ương Nguyễn Bá Thanh xác định rõ chức năng, nhiệm vụ của từng đơn vị thuộc Ban.
Theo đó, ban có chín đơn vị, đầu tiên là Vụ Theo dõi xử lý các vụ án, có chức năng tham mưu giúp lãnh đạo ban theo dõi, đôn đốc và phối hợp với các cơ quan liên quan chỉ đạo, hướng dẫn xử lý một số vụ việc, vụ án nghiêm trọng, phức tạp; các vụ việc, vụ án có liên quan đến cán bộ thuộc diện Bộ Chính trị, Ban Bí thư quản lý; các vụ việc, vụ án khác mà dư luận xã hội đặc biệt quan tâm.
Trong số các nhiệm vụ của đơn vị này có việc chủ trì tham mưu để lãnh đạo ban giúp Ban Chỉ đạo trung ương về phòng chống tham nhũng (PCTN), thường trực Ban Chỉ đạo kiến nghị Bộ Chính trị, Ban Bí thư xem xét, quyết định hoặc trực tiếp chỉ đạo các cơ quan có thẩm quyền tạm đình chỉ công tác, sinh hoạt Đảng, sinh hoạt cấp ủy theo phân cấp quản lý khi cán bộ, đảng viên có dấu hiệu tham nhũng...
Các đơn vị tiếp theo gồm có: Vụ Pháp luật, Vụ Nghiên cứu tổng hợp, Vụ Cơ quan nội chính, Vụ Theo dõi công tác PCTN, Vụ Địa phương, Vụ Tổ chức - cán bộ, Văn phòng và tạp chí Nội Chính.
Trong đó, Vụ Theo dõi công tác PCTN có chức năng chủ trì tham mưu để lãnh đạo ban giúp Ban Chỉ đạo trung ương về PCTN, thường trực Ban Chỉ đạo: yêu cầu các đảng đoàn, ban cán sự Đảng, đảng ủy trực thuộc trung ương, cơ quan, tổ chức, đơn vị và người có thẩm quyền ở trung ương báo cáo về công tác lãnh đạo, chỉ đạo và kết quả thực hiện công tác PCTN; việc giải quyết khiếu nại, tố cáo và xử lý thông tin về hành vi tham nhũng; thực hiện các biện pháp phòng ngừa tham nhũng trong nội bộ cơ quan, tổ chức, đơn vị ở trung ương...
Đến nay, tổ chức bộ máy, chức năng nhiệm vụ của các đơn vị trực thuộc Ban Nội chính trung ương đã hoàn thành cơ bản để đi vào hoạt động.
Ban này đang tích cực hoàn thiện xây dựng văn bản quy chế làm việc và chương trình công tác của ban trong thời gian tới, phối hợp với Ban Tổ chức trung ương để trình Ban Bí thư ra quyết định thành lập ban nội chính ở các tỉnh ủy, thành ủy. Ban cũng đang khẩn trương xây dựng dự thảo quy chế làm việc của Ban Chỉ đạo trung ương về PCTN để trình Ban Chỉ đạo thông qua tại phiên họp gần nhất.
