Sau lễ đón chính thức với các nghi thức cao nhất dành cho nguyên thủ quốc gia tại Phủ Tổng thống, chiều 27/6, Chủ tịch nước Trương Tấn Sang và phu nhân đã có cuộc hội kiến với Tổng thống Susilo Bambang Yudhoyono và phu nhân trước khi hai nhà lãnh đạo tiến hành hội đàm.
Hai nhà lãnh đạo đã thông báo cho nhau về tình hình chính trị, kinh tế, đối ngoại của mỗi nước và nhất trí cho rằng quan hệ hữu nghị truyền thống và hợp tác toàn diện giữa hai nước không ngừng phát triển trong gần 60 năm qua và đạt được nhiều thành tựu quan trọng trên các lĩnh vực. Trên cơ sở đó, hai nhà lãnh đạo đã chính thức tuyên bố nâng cấp quan hệ Việt Nam - Indonesia thành Đối tác chiến lược nhằm đưa quan hệ hai nước lên một tầm cao mới, vì lợi ích của nhân dân mỗi nước, vì hòa bình, ổn định, hợp tác và phát triển phồn vinh của khu vực và thế giới.
Về chính trị, hai nhà lãnh đạo nhất trí tiếp tục tăng cường hơn nữa quan hệ truyền thống hữu nghị và tin cậy trên cơ sở thường xuyên trao đổi đoàn và tiếp xúc cấp cao cũng như các cấp; tiếp tục triển khai hiệu quả các cơ chế hợp tác sẵn có; đẩy mạnh thực hiện "Chương trình Hành động giai đoạn 2012-2015" theo đúng tiến độ, đồng thời bổ sung để Chương trình Hành động này phù hợp với quan hệ Đối tác chiến lược vừa được thiết lập. Indonesia nhất trí sớm thành lập Hội Hữu nghị Indonesia - Việt Nam để phối hợp chặt chẽ với Hội Hữu nghị Việt Nam – Indonesia nhằm tăng cường hơn nữa giao lưu nhân dân trong bối cảnh mới.
Về hợp tác kinh tế - thương mại - đầu tư, hai nhà lãnh đạo nhất trí đánh giá kim ngạch thương mại hai chiều tăng trưởng tốt trong những năm gần đây và phấn đấu đưa kim ngạch thương mại hai chiều vượt 5 tỷ USD trước năm 2015 và đạt 10 tỷ USD vào năm 2018. Hai bên cho rằng đầu tư hai chiều vẫn còn khiêm tốn và chưa tương xứng với tiềm năng cũng như quan hệ hai nước ở tầm Đối tác chiến lược; hai nhà lãnh đạo đề nghị các bộ, ngành hữu quan hai nước nghiên cứu, đẩy mạnh các biện pháp xúc tiến đầu tư; đồng thời, khẳng định tạo thuận lợi cho doanh nghiệp nước này đầu tư vào nước kia.
Hai nhà lãnh đạo cũng cho rằng các lĩnh vực tiềm năng khác như năng lượng, nông - ngư nghiệp, thủy sản, giáo dục - đào tạo… đang có nhiều bước phát triển tích cực; nhất trí đẩy mạnh hợp tác trong vấn đề an ninh lương thực, triển khai các dự án hợp tác dầu khí, hợp tác mua bán than và khai khoáng; tăng cường triển khai Bản Ghi nhớ hợp tác nghề cá và các vấn đề biển (2010) để khai thác tiềm năng hợp tác to lớn trong lĩnh vực này cũng như phối hợp chặt chẽ giải quyết các vấn đề liên quan đến ngư dân - tàu thuyền xâm phạm vùng biển của nhau trên tinh thần nhân đạo và hữu nghị; ủng hộ việc đưa ra một giải pháp tạm thời trong khi tiếp tục trao đổi Thỏa thuận về phân định vùng đặc quyền kinh tế.
Về hợp tác quốc phòng - an ninh, hai nhà lãnh đạo ghi nhận những bước phát triển tích cực trong việc thực hiện Hiệp định Hợp tác phòng chống tội phạm (2005) và Bản Ghi nhớ về tăng cường hợp tác giữa các quan chức quốc phòng và các hoạt động liên quan (2010); nhất trí xúc tiến đàm phán, sớm ký kết Quy chế về tuần tra phối hợp giữa Hải quân hai nước tại vùng biển tiếp giáp và nhanh chóng triển khai trên thực địa, góp phần duy trì ổn định và an ninh trên biển; đồng thời nghiên cứu thành lập các cơ chế Đối thoại chính sách về an ninh và quốc phòng phù hợp.
Trao đổi về các vấn đề quốc tế và khu vực, hai nhà lãnh đạo khẳng định tiếp tục tăng cường tham vấn và phối hợp lập trường chặt chẽ giữa hai nước tại các diễn đàn khu vực và quốc tế, đặc biệt là trong ASEAN và Liên hợp quốc; nhất trí cùng phối hợp với các nước thành viên ASEAN khác nỗ lực hoàn thành mục tiêu xây dựng Cộng đồng vào năm 2015. Việt Nam khẳng định tiếp tục ủng hộ Indonesia trong vai trò Chủ tịch APEC 2013; cảm ơn và mong muốn Indonesia tiếp tục ủng hộ Việt Nam đăng cai APEC 2017. Về Biển Đông, hai nhà lãnh đạo tái khẳng định tầm quan trọng của hòa bình, ổn định, an toàn, an ninh và tự do hàng hải tại Biển Đông; giải quyết tranh chấp bằng biện pháp hòa bình, kiềm chế, không sử dụng hoặc đe dọa sử dụng vũ lực; tôn trọng luật pháp quốc tế, trong đó có Công ước của Liên hợp quốc về Luật Biển năm 1982 (UNCLOS); thực hiện đầy đủ Tuyên bố về ứng xử của các bên ở Biển Đông (DOC) và sớm hoàn thành Bộ Quy tắc ứng xử ở Biển Đông (COC). Hai bên cũng bày tỏ sự ủng hộ đối với Tuyên bố 6 điểm của ASEAN về vấn đề Biển Đông và hoan nghênh Tuyên bố chung của Hội nghị Thượng đỉnh ASEAN - Trung Quốc lần thứ 15 về kỷ niệm 10 năm DOC cũng như các bước triển khai cụ thể tiếp theo của các tuyên bố này.
Kết thúc hội đàm, hai nhà lãnh đạo đã chứng kiến lễ ký Hiệp định Tương trợ tư pháp về hình sự, Hiệp định về dẫn độ và Bản Ghi nhớ về hợp tác hàng hóa nông sản giữa hai nước. Nhân dịp này, hai bên cũng sẽ ký kết các Bản Ghi nhớ về hợp tác tài chính và Bản Ghi nhớ về hợp tác năng lượng và tài nguyên khoáng sản. Sau lễ ký, hai nhà lãnh đạo cũng đã tổ chức họp báo chung, thông báo với các cơ quan truyền thông kết quả hội đàm, ý nghĩa chuyến thăm.
Tối cùng ngày, Tổng thống Susilo Bambang Yudhoyono mở tiệc chiêu đãi trọng thể Chủ tịch nước Trương Tấn Sang và Đoàn đại biểu cấp cao Nhà nước Việt Nam.