Bến Nhà Rồng khởi đầu là một thương cảng lớn của Sài Gòn. Thương cảng này nằm trên sông Sài Gòn và được xây dựng từ 1864, trên khu vực gần cầu Khánh Hội, nay thuộc quận 4. Tại nơi đây, vào ngày 5 tháng 6 năm 1911, người thanh niên Nguyễn Tất Thành (sau này lây tên là Hồ Chí Minh) đã xuống con tàu Amiral Latouche Tréville làm phụ bếp để có điều kiện sang châu Âu. Do đó, từ 1975 toà trụ sở xưa của thương cảng Nhà Rồng đã được chính quyền Việt Nam xây dựng lại thành khu lưu niệm Hồ Chí Minh.
Nhà Rồng được khởi công xây dựng ngày 4 tháng 3 năm 1863, do “Công ty vận tải đường biển” (tiếng Pháp: Messageries Maritimes) xây cất để làm nơi ở cho viên Tổng quản lý và nơi bán vé tàu. Nóc nhà gắn hình rồng, ở giữa thay vì trái châu thì là chiếc phù hiệu mang hình “Đầu ngựa và chiếc mỏ neo”. Phù hiệu “Đầu ngựa” hàm chỉ thời trước bên Pháp, công ty này chuyên lãnh chở đường bộ với ngựa kéo xe, còn “Mỏ neo” tượng trưng cho tàu thuyền. Trụ sở công ty được giới bình dân gọi là nhà Rồng, có nhiều thuyết về cái tên này: có thuyết nói rằng vì có gắn đôi rồng lớn bằng đất nung tráng men xanh trên nóc nhà, một thuyết khác cho rằng khác là Nhà Rồng có nghĩa là Gia Long với Nhà là Gia, Rồng là Long, bến Nhà Rồng được người Pháp đặt để nhớ tới quan hệ của vua Gia Long với nước Pháp. Người lớn tuổi gọi tên là Sở Ông Năm, vì hãng tàu biển này do quan năm Pháp Domergue đứng ra sáng lập.
Vào tháng 10 năm 1865, người Pháp cho dựng cột cờ Thủ Ngữ. Từ "Thủ ngữ" có nghĩa là sở canh tuần tàu biển. Cột cờ treo cờ hiệu để cho tàu thuyền ra vào Cảng nên biết vào ngay hay chờ đợi.
Năm 1893, trụ sở công ty Nhà Rồng dùng đèn điện, dùng bóng đèn 16 nến, sáng leo lét, kém xa mấy ngọn đèn lồng thắp dầu lửa mà tòa đô chính cho thắp thử ở đường Catina (Đồng Khởi).
Gần cuối năm 1899, công ty được phép xây cất bến cho tàu cặp vào. Bến lót ván dày, đặt trên trụ sắt dọc theo mé sông 42 mét (phía tàu cặp vào). Bến này cách bến kia 18 mét. Bề ngang của moai bến vào phía trong bờ là 8 mét. Từ bờ ra bến có cầu rộng 10 mét. Ban đầu xây hai bến rồi xây thêm bến thứ ba.
Năm 1919, công ty được phép xây bến bằng xi măng cốt sắt, nhưng không thực hiện được, phải đến tháng 3 năm 1930 mới hoàn thành bến mới, chỉ một bến nhưng dài 430 mét.
Toàn bộ kiến trúc xưa của tòa trụ sở thương cảng Nhà Rồng hầu như còn nguyên vẹn cho đến ngày nay.
Từ sự kiện, người thanh niên Nguyễn Tất Thành ra đi tìm đường cứu nước, UBND thành phố Hồ Chí Minh phục dựng Nhà Rồng thành Khu di tích lịch sử Bác Hồ, khánh thành ngày 3-9-1979. Ngày 20-9-1982, UBND thành phố Hồ Chí Minh quyết định chuyển Khu di tích lịch sử thành Khu lưu niệm Chủ tịch Hồ Chí Minh. Tháng 10-1995, UBND thành phố Hồ Chí Minh quyết định đổi Khu lưu niệm Chủ tịch Hồ Chí Minh thành Bảo tàng Hồ Chí Minh - Chi nhánh TP Hồ Chí Minh.
Du khách đến thăm quan Bảo tàng Hồ Chí Minh tại bến cảng Nhà Rồng
Đến nay, Bảo tàng đã tạo dựng được một hệ thống trưng bày phản ánh khá đầy đủ, sinh động cuộc đời và sự nghiệp cách mạng của Chủ tịch Hồ Chí Minh, đặc biệt nhấn mạnh sự kiện Bác Hồ ra đi tìm đường cứu nước và tình cảm sâu nặng vô bờ bến của Bác Hồ đối với nhân dân miền nam cũng như tình cảm kính yêu vô hạn của nhân dân miền nam đối với Bác Hồ. Những ngày đầu thành lập với chỉ hơn 400 tư liệu, hiện vật, hiện nay, Bảo tàng đã sưu tầm, lưu giữ hơn 17 nghìn tư liệu, hiện vật; có một thư viện chuyên đề về Chủ tịch Hồ Chí Minh với hơn bốn nghìn cuốn sách do Bác viết và do các tác giả trong và ngoài nước viết về Bác. Sau năm lần chỉnh lý lớn, nội dung trưng bày của Bảo tàng ngày càng phong phú, hấp dẫn hơn, loại bỏ hình thức trưng bày minh họa cho các sự kiện, chuyển dần sang trưng bày theo sưu tập, coi trọng trưng bày chuyên đề và trưng bày lưu động, với việc áp dụng các thủ pháp kỹ thuật, mỹ thuật tạo hấp dẫn. Do vậy, Bảo tàng ngày càng thu hút đông đảo các tầng lớp nhân dân và khách quốc tế đến tham quan, tìm hiểu, học tập về cuộc đời hoạt động cách mạng và tấm gương đạo đức của Bác Hồ. Hơn 30 năm qua, đã có khoảng 20 triệu lượt khách tham quan, trong đó có nhiều đoàn đại biểu cấp cao quốc gia và quốc tế. Đặc biệt, Bảo tàng phối hợp và liên kết với nhiều tổ chức, cơ quan tổ chức hội thảo, tọa đàm khoa học, nói chuyện chuyên đề, xuất bản các ấn phẩm... có hiệu quả khoa học và xã hội.