Chùa Thầy có tên chữ là Thiên Phúc Tự, được xây vào thời Lý Nhân Tông (1072 -1127), trước nguyên là một thảo am, nơi gắn liền với cuộc đời và sự nghiệp và tu hành của Đức Thánh Từ Đạo Hạnh.
Một huyền thoại mang đậm dấu ấn dân gian
Những câu chuyện về người có công đức lớn với nhân dân trong vùng và thắng cảnh tuyệt diệu nơi đây đã làm dày thêm những huyền thoại, cả một vùng danh sơn cẩm tú trở thành địa linh nhân kiệt. Nơi Người tu hành được gọi là chùa Thầy. Núi Ngài ở trở thành núi Thầy. Thậm chí, vùng Người ở trở thành tổng Thầy. Là thiền sư đời thứ 12 của dòng Tỳ ni đa lưu chi – một tông phái của Phật giáo Trung Hoa truyền sang Việt Nam từ cuối thế kỷ VI đến cuối thời nhà Lý, song cách tu của Đức Thánh Từ, sư Vạn Hạnh, Minh Không… mang nhiều yếu tố Phật giáo Mật tông. Phái này khi truyền vào Việt Nam thì không còn độc lập như một giáo phái riêng mà nhanh chóng hòa vào tín ngưỡng dân gian với các biểu hiện như tế lễ, cầu hồn, phù chú, chữa bệnh… Chùa Thầy là một điển hình của tông phái Phật giáo này, dùng hình tượng cụ thể, kết hợp với mật chú, mật ngữ để khai mở trí tuệ và giác ngộ, thường dùng các hình thức như: nghệ thuật kiến trúc, nghệ thuật tạo hình, phong thuỷ, sắp đặt tượng, đồ thờ, điêu khắc để các phật tử tự suy ngẫm từ đó mà giác ngộ.
Về phong thủy, không những chùa Thầy có cảnh quan thiên nhiên đắc địa mà cả sự sắp xếp kiến trúc cho phù hợp với cảnh quan thiên nhiên đó cũng rất khéo léo, phù hợp với thuyết phong thuỷ. Nổi bật là hình tượng rồng. Chùa Thầy là điểm nổi bật giữa 16 núi (thập lục kỳ sơn). Có thể coi chùa Thầy là chú rồng lẻ đàn giũa vùng đồng bằng Bắc bộ thì 16 núi xung quanh là lân, quy, phượng chầu về. Chùa được dựng dựa vào thế núi Sài Sơn, uốn lượn như đuôi rồng (hậu chẩm theo thuyết phong thuỷ); núi Long Mẫu (Long Đẩu) ở phía tả, được coi là tiền án. Phía trước trông ra hồ Long Trì (Long Chiểu) theo thế tương thủy; xung quanh là làng xóm đông vui. Chùa nằm ở khu đất hàm rồng, sân cỏ trước mặt là hàm trên; bờ hồ bên tả là hàm dưới, há ra đón hòn ngọc là Thủy đình( xây dựng vào thế kỷ 17), hai dải đất rộng bên dưới là hai chân của rồng ôm lấy chùa. Hai cầu Nhật Tiên và Nguyệt Tiên (do Trạng Bùng Phùng Khắc Khoan xây năm 1602) là răng nanh, hai bên có giếng tượng trưng cho mắt rồng. Hai cây gạo vươn lên trời là râu rồng. Ba lớp chùa Thượng, Trung, Hạ tượng trưng cho đầu rồng. Hành lang hai bên chùa có lầu chuông, gác trống là tai rồng. Chính vẻ đẹp, sự linh thiêng của chùa Thầy khiến chúa Định Vương Trịnh Căn (1633-1709) phải thốt lên: “ Nay thấy chùa Thiên Phúc ở núi Phật Tích nổi lên như viên ngọc giữa đám ruộng sỏi đá rạng vẻ xanh tươi cả bốn mùa”.
Kiến trúc độc đáo
Về kiến trúc, đây là ngôi chùa được xây dựng theo kiểu kết hợp “ tiền Phật, hậu Thánh” linh thiêng và đẹp đẽ, đánh dấu sự kết hợp cả vương quyền, thần quyền (cả Phật giáo và Đạo giáo) và các tín ngưỡng dân gian. Chùa Thầy ghi dấu ấn là ngôi chùa hoàn chỉnh với Cung Thánh kết hợp với nhà Tam Bảo trên một trục bằng ống muống. Cung Thánh là một không gian đóng kín với diện tích nhỏ để tạo sự huyền bí, linh thiêng. Toàn bộ Thiên Phúc Tự được xây dựng qua nhiều đời, nhưng vẫn theo bố cục “ nội công ngoại quốc” hoàn chỉnh, dựa vào thế núi cao dần, cao dần lên một tầm cao mới. Khu Tam Bảo gồm Tiền đường, Thượng điện, nhà Thiêu hương được bố trí theo một trục tạo thành chữ Công, hai bên có hành lang, gác chuông, gác trống bao quanh tạo thành khung chữ nhật (chữ Quốc). Như vậy là chùa vẫn có không gian mở mà vẫn linh thiêng, huyền bí. Một đặc điểm kiến trúc rất riêng của chùa là xưa nay không có tam quan, vì vậy không có cửa vào mặt trước. Ở chùa Thầy, Thánh quan trọng hơn Phật, thể hiện ở chỗ có nhiều miếu thờ Thần để Phật hóa Thần. Hang Thánh Hóa ngày nay còn treo biển “Hương Hải am”, gợi nhớ đến nơi tu hành của Đức Thánh Từ vào thời Lý. Ở đây còn lưu lại truyền thuyết về việc Từ Đạo Hạnh thoát xác để hóa thân thành vua Lý Thần Tông. Trên hai hòn đá linh thiêng còn có dấu vết mà người dân và du khách tin rằng do Ngài để lại khi hóa thân. Mọi người đua nhau đặt tay vào để lấy may!
Trong các ban thờ của chùa Thầy có nhiều nơi đặt tượng Thánh từ. Ở điện Thánh đặt tượng ngài qua 3 kiếp khác nhau: Tượng kiếp tu tiên tại khám thờ bên trái, tượng chân thân của ngài tại khám giữa, bên phải là tượng hoàng đế Lý Thần Tông - hóa thân của ngài. Sinh động, độc đáo nhất là tượng tu tiên tại khám bên trái. Theo quan niệm của phái Mật tông, pho tượng được bố trí hình động, hoạt động theo nguyên lý cơ học. Pho tượng này làm bắng gỗ chiên đàn (một loại gỗ quí có hương thơm dùng làm tượng Phật, tượng Thánh –ND), kích thước lớn bằng người thực. Xưa kia, trong bụng tượng có đặt dây máy theo lối con rối; vì vậy mỗi khi mở cửa khám tượng từ từ đứng dậy chào khách. Đến khi đóng cửa khám, tượng lại từ từ ngồi xuống. Về sau, một vị quan triều Nguyễn nói: “Đã là Thánh thì không phải đứng dậy chào” và cho cắt dây máy. Từ đó, tượng ngồi luôn. Ở đây, có hai lý do làm pho tượng độc đáo này: thứ nhất là thể hiện yếu tố Mật tông đậm nét, tạo ra tượng động và có nhiều nét bí ẩn, linh thiêng; thứ hai, tưởng nhớ công đức Thánh Từ là tổ nghề múa rối; ngoài yếu tố Mật tông, tượng còn có những dấu ấn dân gian.
Bên cạnh đức Thánh Từ, chùa còn có thờ nhiều nhân vật linh thiêng khác, ghi đậm dấu ấn lịch sử hào hùng của dân tộc. Trên hang Cắc Cớ vẫn còn chứng tích về “bể xương người” khủng khiếp, trong đó những lời đồn đoán cho rằng có đến 3.600 bộ xương! Về thân phận của những bộ xương này, có người cho rằng, đây là những nghĩa quân của Tể tướng Lữ Gia thời Nam Việt của Triệu Đà kháng chiến chống nhà Tây Hán ở phương Bắc thất bại, đã chạy về đây (?). Khi cửa hang bị bít kín và bị giặc hun khói, Lữ Gia và các nghĩa sĩ quyết tử tiết chứ không chịu hàng giặc. Quanh năm, ở đây bao phủ âm khí và màn sương mù dày đặc và cả màn sương mù lịch sử huyền bí. Về vấn đề này, nhiều người cho rằng khó xác định những hài cốt của nghĩa quân Lữ Gia vì sự kiện này cách ngày nay 2.100 năm . Có ý kiến thì cho rằng chủ nhân của những bộ xương đó là của một nhóm nghĩa quân chống lại ách xâm lăng của nhà Minh đầu thế kỷ XV. Ý kiến khác: Đây phải là di cốt của đội quân Cờ Đen của LưuVĩnh Phúc tham gia chống Pháp cách đây hơn một thế kỷ. PGS.TS Nguyễn Lân Cường, Viện Khảo cổ học Việt Nam cho biết: “Không nên động vào số xương cốt này. Tôi đã xuống tận nơi, không có chuyện có tới hàng ngàn bộ xương như những lời đồn thổi. Bể hài cốt này đã nhuốm màu truyền thuyết thì cứ nên để màu truyền thuyết như thế ”. Trên chùa Cao, còn có nhà lưu niệm dòng họ Phan Huy. Tương truyền, Phan Huy Chú – nhà nho nổi tiếng (1782-1840) đã từng ở đây. Ông được tôn kính là “kép Thầy” khi viết cuốn “Lịch triều hiến chương loại chí nổi tiếng” dâng vua năm 1819 . Ở đền Trình dưới chân chùa Thầy có đền thờ Đỗ Cảnh Thạc – một trong 12 vị sứ quân nổi tiếng cuối triều Ngô (cuối thế kỷ X), từng trấn trị nơi đây.
Hằng năm, nhân dân quanh vùng, tổ chức lễ hội chùa Thầy từ ngày mùng 5 đến mùng 7 tháng Ba âm lịch. Vào những ngày này, những nghi lễ truyền thống, đặc biệt là múa rối nước càng thắp sáng thêm giá trị văn hóa lịch sử và truyền thống văn hóa quí báu của khu di tích này, khẳng định giá trị trường tồn của quần thể di tích chùa Thầy trong cả quá khứ, hiện tại và tương lai. Đây cũng là một trong những điểm đến hấp dẫn của ngành Du lịch.