Chùa Bút Tháp được làm từ thời Trần, sách “Địa chí Hà Bắc” (1982) cũng cho rằng chùa có từ thời vua Trần Thánh Tông (1258-1278). Chùa còn có tên gọi khác là Ninh Phúc tự, chùa Nhạn Tháp. Cuối năm 2013, chùa đã được xếp hạng di tích quốc gia đặc biệt.
Chùa Bút Tháp Là một trong những ngôi chùa cổ có kiến trúc độc đáo của Bắc Ninh; hiện là điểm đến tâm linh của nhiều du khách trong và ngoài nước. Đến với chùa, du khách có thể chiêm ngưỡng bức tượng Phật Quan Âm nghìn mắt - nghìn tay bằng gỗ lớn nhất Việt Nam; bức tượng được coi là pho tượng cổ độc nhất vô nhị, được nhà nước công nhận là bảo vật quốc gia năm 2012. Tượng cao 2,35m, rộng 2m, 11 mặt chính nhìn ra phía trước, và 2 mặt phụ ở 2 bên, đầu đội mũ “ thiên quan”; 42 tay lớn và 789 cánh tay nhỏ, trong mỗi bàn tay có 01 con mắt. Tượng được đặt trên tòa sen rồng đội, với dáng hành đạo, thư thái. Đây được coi là một kiệt tác về tượng Phật và nghệ thuật tạc tượng.
Kiến trúc chùa được xây cất với một hệ thống các công trình hài hòa, cân xứng và sinh động. Mỗi một công trình kiến trúc là một tác phẩm nghệ thuật khéo léo với các hoạ tiết trang trí được làm bằng các chất liệu phong phú và đa dạng như đá, gỗ, gạch. Nó thể hiện sự kết hợp hài hòa giữa kiến trúc và môi trường thiên nhiên.
Tượng Quan Âm nghìn tay – nghìn mắt, một bảo vật quốc gia hiện được lưu giữ tại chùa Bút Tháp.
Tích thiện am, nằm giữa chùa, là nơi chứa đựng điềm lành. Nối Tích thiện am với Thượng điện là một chiếc cầu đá cong bắc ngang hồ sen. Cầu gồm 3 nhịp uốn cong, mặt cầu lát đá xanh, hai bên cầu có phù điêu đá chạm trổ tinh xảo; tương truyền, khi du khách bước qua chiếc cầu đá, mọi toan tính đời thường sẽ bị gạt bỏ lại sau lưng, tâm trí trong lành, thành tâm lễ phật. Bên trong Tích thiện am có tòa cửu phẩm liên hoa, là tháp bằng gỗ 8 mặt, 9 tầng; mỗi tầng là một đài sen, tượng trưng cho 9 cấp tu hành chính quả của Phật giáo.
Tháp Báo Nghiêm, tương truyền được xây dựng vào khoảng thế kỷ 17. Tháp cao 13,05m, năm tầng với một phần đỉnh xây bằng đá xanh; ngoài tầng đáy rộng hơn với mái hiên nhô ra; bốn tầng trên gần giống nhau, mỗi cạnh rộng 2m; góc của 5 tầng có 5 quả chuông nhỏ; lòng tháp có một khoang tròn đường kính 2,29m. Ngoài kỹ thuật xây dựng đá, phần bệ tượng được bao quanh bằng hai vòng tường cấu tạo bằng cột và lan can. Ở tầng dưới cùng của toà tháp này có mười ba bức chạm đá với lấy đề tài chủ yếu là các con thú. Tháp còn có tên là tháp Nhạn, tương truyền khi vua Tự Đức đến viếng chùa (1876) cho rằng Nhạn là một loài chim không chung thủy nên đã đổi tên tháp.