Ninh Bình có mạng lưới giao thông thủy khá phong phú. Vào mùa lũ nước có thể ngập trắng đồng, vào mùa cạn các phương tiện vận tải vẫn hoạt động bình thường. Cũng do đặc thù về giao thông thủy của tỉnh nên trên địa bàn tỉnh có nhiều bến khách ngang sông hình thành phục vụ nhu cầu đi lại của người dân.
Tuy nhiên, trong thời gian vừa qua còn nhiều bến khách ngang sông không đủ điều kiện hoạt động nhưng vẫn tham gia kinh doanh vận tải khách. Tuy chưa có vụ tai nạn giao thông nào xảy ra liên quan đến phương tiện chở khách và các bến khách ngang sông, nhưng với thực trạng như hiện nay thì tai nạn giao thông thủy có thể xảy ra bất cứ lúc nào.
Hiện nay trên địa bàn tỉnh có 49 bến và 63 đò ngang hoạt động kinh doanh đưa đón khách ngang sông, trong đó chỉ có 17 bến khách ngang sông đủ điều kiện hoạt động; còn 32 bến không đủ điều kiện hoạt động. Trong đó huyện Yên Khánh có 7 bến, huyện Kim Sơn có 10 bến, huyện Gia Viễn có 6 bến, huyện Nho Quan có 8 bến và huyện Hoa Lư có 1 bến. Qua kiểm tra thực tế, tại các địa phương vẫn còn tồn tại một số bến đò và phương tiện, người điều khiển chưa đủ điều kiện hoạt động là do chưa chấp hành các quy định về đảm bảo trật tự ATGT đường thủy nội địa. Các lỗi như: hệ thống báo hiệu tại các bến khách còn thiếu, đường và cầu lên xuống bến đò đã xuống cấp không được sửa chữa tại các bến đò trên sông Bôi, huyện Nho Quan, sông Đáy, huyện Yên Khánh và huyện Nho Quan, một số bến chưa được cấp phép hoặc giấy phép đã hết hiệu lực nhưng chưa được cấp lại mà vẫn hoạt động. Một số đò chở khách cũ nát, ván sàn không đảm bảo rất dễ xảy ra mất an toàn cho người đi đò, nhưng không được chủ đò sửa chữa, không đủ điều kiện an toàn, thiếu trang thiết bị an toàn, phao cứu sinh nhưng vẫn hoạt động. Tình trạng một số đò vì lợi nhuận, cả nể người cùng thôn, xã mà chở quá tải, nhất là đò chở học sinh, người đi chợ, người đi đò không mặc áo phao diễn ra phổ biến tại các huyện Gia Viễn, Yên Khánh và Kim Sơn.
Nguyên nhân dẫn đến tình trạng trên là do công tác tuyên truyền, phối hợp quản lý cũng như bảo đảm trật tự ATGT tại các bến, đò khách của các cấp các ngành còn chưa đồng bộ, thiếu sự quan tâm. Dẫn đến việc xử lý các vi phạm về trật tự ATGT đường thủy nội địa chưa kiên quyết, nhất là chính quyền xã, phường thị trấn. Trong khi cán bộ chỉ đạo, giám sát công tác bảo đảm trật tự ATGT đường thủy tại các huyện và các xã đều kiêm nhiệm, nghiệp vụ chưa sâu, am hiểu về ATGT đường thủy nội địa còn nhiều hạn chế. Nguồn thu của chủ phương tiện quá thấp, đặc biệt với các bến đò có mật độ khách ít, lại phải nộp khoán cho địa phương do vậy không đủ kinh phí để tái đầu tư, sửa chữa bến, đò cũng như bổ sung các trang thiết bị an toàn cho phương tiện.
Để khắc phục tình trạng mất trật tự ATGT tại các bến khách ngang sông trên địa bàn tỉnh, Sở GTVT kiến nghị Ban ATGT tỉnh phối hợp cùng các ngành, các cấp tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật trật tự ATGT đường thủy nội địa đến những người làm công tác quản lý, những người tham gia giao thông đường thủy nội địa, đặc biệt là chủ phương tiện và khách đi đò. Phối hợp cùng các cấp, các ngành thực hiện nghiêm túc pháp luật về ATGT đường thủy nội địa, xây dựng cơ chế chính sách hỗ trợ cho người đóng mới, nâng cấp bến đò chở khách đảm bảo ATGT.
Sở GTVT sẽ tiến hành thay mới 8 chiếc đò chở khách tại bến: Gián Khẩu, Tùy Hối, Đông Khê, Chấn Hưng, Gia Vượng (Huyện Gia Viễn); Đò Bờm (Yên Khánh), cống Điện Biên (Kim Sơn) và Bến Mơ (Nho Quan) với kinh phí 700 triệu đồng (từ nhiều nguồn) để bảo đảm ATGT tại các bến đò ngang có phương tiện cũ nát không đảm bảo ATGT. Đồng thời Giám đốc Sở GTVT -Phó Trưởng ban ATGT tỉnh sẽ trích nguồn kinh phí xử phạt ATGT của ngành mua 200 áo phao để trang bị cho các phương tiện đò đã đủ các điều kiện an toàn kỹ thuật nhưng thiếu áo phao nên không đăng kiểm được theo quy định đảm bảo các bến khách ngang sông của Ninh Bình sẽ đủ các điều kiện an toàn