Các viện, trung tâm nghiên cứu của Nhà nước sẽ được hưởng ưu đãi tối đa về thuế, vốn vay, cơ sở hạ tầng... khi chuyển thành doanh nghiệp khoa học công nghệ, theo thông tư hướng dẫn mới ban hành của Bộ KH&CN.
Cho đến nay, đã có một số đơn vị thí điểm chuyển đổi thành công như Viện Máy và Dụng cụ công nghiệp, công ty Sơn Hải Phòng..., tuy nhiên, việc chưa có thông tư hướng dẫn khiến cho quá trình chuyển đổi gặp khó khăn.
Theo yêu cầu của Chính phủ, chậm nhất đến tháng 12/2009, các đơn vị nghiên cứu công lập phải chuyển sang "tự túc" một phần (thành tổ chức khoa học tự trang trải kinh phí) hoặc hoàn toàn (thành doanh nghiệp khoa học công nghệ). Nếu không chuyển đổi sẽ bị sát nhập hoặc giải thể. Thời gian đến mốc này không xa, song số đơn vị xin chuyển đổi không nhiều. Đến hết quý 1/2008, trong tổng số 504 đơn vị trên cả nước, mới chỉ có 205 (chiếm 40%) có đề án chuyển đổi được phê duyệt, 135 đề án (chiếm 26,7%) đang chờ phê duyệt.
Theo Bộ KH&CN, sở dĩ tiến độ chuyển đổi diễn ra chậm là do nhiều đơn vị nghiên cứu có tư tưởng e ngại khi chuyển sang cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm, đặc biệt là nhiều địa phương vẫn muốn tiếp tục được hỗ trợ theo kiểu bao cấp.
Tuy nhiên, theo Thứ trưởng Bộ KH&CN Nguyễn Quân, việc chuyển thành doanh nghiệp khoa học công nghệ sẽ là cơ hội để nhà khoa học biến sản phẩm nghiên cứu của mình thành sản phẩm hàng hóa, phục vụ thị trường một cách trực tiếp chứ không phải là gián tiếp (thông qua chuyển giao công nghệ) như trước đây. Với tư cách doanh nghiệp, các nhà nghiên cứu sẽ có quyền hoạt động tối đa, không chịu sự điều khiển của Nhà nước, và có thể bán được chất xám với đúng giá trị thực, chứ không phải "bán rẻ" như trước.