Hiện nay nguồn lực tài chính hàng năm dành cho khoa học - công nghệ (KH-CN) duy trì đạt 2% tổng chi ngân sách nhà nước (NSNN), tạo điều kiện để đầu tư, phát triển, phục vụ mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội của đất nước.
Tuy nhiên, tại một số địa phương, việc quản lý và sử dụng NSNN cho KH-CN đang được sử dụng sai mục đích như: chi cho công nghệ thông tin, dự án xử lý ô nhiễm môi trường…
Theo số liệu từ Bộ Tài chính, giai đoạn 2006-2012, trong 2% tổng chi ngân sách cho KH-CN thì chi đầu tư phát triển (ĐTPT) của các bộ ngành 16,8% và của địa phương 16,8%, tổng số là 33,6%. Chi ngân sách ĐTPT KH-CN tại các địa phương bình quân đạt 55,2% so với chỉ tiêu phân bổ. Trong kế hoạch 2013 do Bộ KH-CN đề xuất tổng kinh phí theo nhu cầu ĐTPT là 3.143 tỷ đồng, số liệu được Quốc hội thông qua là 3.300 tỷ đồng (tương đương 105% đề xuất của Bộ KH-CN). Qua đó đã có 23 địa phương được cấp vốn vượt nhu cầu chiếm 2.383 tỷ đồng (72,5% tổng vốn ĐTPT KH-CN Quốc hội giao) bao gồm: Hải Dương (6,4 lần), Hưng Yên (7,5 lần), Bà Rịa Vũng Tàu (8,7 lần)… Có 17 địa phương bố trí vốn ĐTPT dưới 40% và thậm chỉ dưới 20% so với nhu cầu như Lạng Sơn, Thái Nguyên, Lào Cai, Bạc Liêu… Đã có 63 tỉnh thành, địa phương được cấp vốn ĐTPT KH-CN với số tiền là 2.859,751 tỷ đồng (trong tổng số 3.300 tỷ đồng).
Tuy nhiên, nhiều địa phương đã sử dụng nguồn vốn trên sai mục đích, đối tượng, sử dụng để làm đường, xây bệnh viện, trường học…; chi cho hoạt động bộ máy đơn vị sự nghiệp; chi đối ứng dự án; chi cho hoạt động lĩnh vực công nghệ thông tin cho UBND tỉnh, tỉnh ủy; xử lý nước thải; xây dựng đường dây trung thế ngầm, trạm biến áp...
Một số nơi con tự ý bố trí nguồn kinh này để sử dụng vào nhiệm vụ khác của địa phương ( Hà Giang, Ninh Bình, Hà Nam… từ năm 2010-2012 gần như không sử dụng nguồn kinh phí này). Ngoài ra còn tồn tại ở các bộ, ngành, cơ quan trung ương và địa phương như kinh phí khoa học chủ yếu tập trung cho xây dựng cơ bản; việc đầu tư và sử dụng các phòng thí nghiệm trọng điểm cấp nhà nước hiệu quả chưa cao; một số chương trình có đề tài, dự án chưa thực hiện đầy đủ nội dung nghiên cứu như đăng ký, khả năng ứng dụng vào thực tiễn hạn chế…
Thực trạng trên cho thấy việc quản lý nhà nước với nguồn kinh phí 2% từ NSNN chi cho lĩnh vực KH-CN còn nhiều tồn tại. Tuy nhiên, một bất cập là kinh phí ĐTPT cho lĩnh vực KH-CN thì Bộ KH-CN lại không tham gia vào quá trình phân bổ, thẩm định nội dung và quản lý nhà nước mà do Bộ Kế hoạch và Đầu tư thẩm định, phân bổ cho các bộ, ngành, địa phương. Hệ quả của việc thiếu sự phối hợp này dẫn đến việc cân đối, bố trí dự toán ngân sách nhà nước chi cho lĩnh vực khoa học công nghệ không đảm bảo tỷ lệ, phân bổ thấp hơn dự toán trung ương giao hoặc sử dụng nguồn kinh phí chưa đúng mục đích, kém hiệu quả hoặc không sử dụng (phổ biến ở các địa phương).
Từ kết quả này, Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị Bộ KH-CN phối hợp với Bộ Tài chính nghiên cứu để sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế chính sách về tài chính lạc hậu và thực hiện ban hành văn bản hướng dẫn các bộ, ngành địa phương xây dựng chiến lược, quy hoạch, kế hoạch về phát triển khoa học công nghệ...
Bên cạnh đó, Bộ KH-CN cũng đề xuất việc phối hợp với Bộ KH-ĐT trong Chiến lược KH-CN Quốc gia, kiểm soát, giám sát các quy hoạch, chiến lược KH-CN ngành và địa phương, tạo sự đồng bộ trong phân bổ kinh phí ĐTPT; thống nhất danh mục các dự án ĐTPT cho KH-CN, xây dựng kế hoạch hàng năm; đề nghị Bộ KH-ĐT trong quyết định giao vốn ĐTPT nguồn NSNN cho các đơn vị hàng năm có thêm mục ghi cụ thể: Kinh phí đầu tư phát triển dành cho KH-CN.