Sông Bàn Thạch dài 60 cây số, phát nguyên tại Hòn Dù, một nhánh của Trường Sơn cao 1104m, chảy qua các xã thuộc tổng Hòa Đa và Hòa Đồng rồi ra cửa Đà Nông. Mùa lụt sông chảy xiết vì nước lũ từ các con suối tràn về. Mùa nắng, nước Bàn Thạch chảy lờ đờ, lòng sông cạn nên chỉ lợi cho nông nghiệp.
Sông bắt nguồn từ phía nam tỉnh, phần thượng nguồn chảy theo hướng đông bắc gần như vuông góc với dãy núi Đèo Cả, sau đó chuyển hướng tây nam – đông bắc, đến Đông Mỹ lại chuyển hướng đông bắc – tây nam đổ ra cửa Đà Nông. Trong mùa cạn, dòng chảy chuyển hướng sang đông nam – tây bắc, đổ ra biển ở cửa Phú Hiệp. Hướng chảy khác các sông trong tỉnh. Độ dốc ở thượng nguồn rất lớn, tới 75%0, khi chảy đến vùng đồng bằng chỉ còn 2%0. Sông có diện tích lưu vực không lớn nhưng vùng thượng nguồn nhiều mưa nên thường gây ra lũ nghiêm trọng cho vùng phía nam của Tuy Hòa. Tổng lượng dòng chảy 0,8 tỉ m3, trữ lượng điện năng khoảng 30.680 KW. Trên sông có các công trình thủy lợi: Trạm bơm Nam Bình, đập Phú Hữu, đập An Sang, hồ Đồng Khôn và các vị trí quy hoạch khác như đập Đá Đen, hồ Mỹ Lâm, hồ Phước Giang…
Tương truyền sông Bàn Thạch là thánh địa của loài cá sấu. Dưới đời Minh Mạng, quan sở tại Phú Yên tâu rằng cá sấu ở đây hại người hơn cả cọp, xin thưởng cho ai giết cá sấu như giết cọp. Dân hai bên bờ nộp nhiều bộ da cá sấu để lãnh thưởng. Theo Đại