Trước khi về đến kho cơ sở, các tài liệu, hiện vật lịch sử đều đã trải qua thời gian sử dụng trong dân gian. Nhiều tài liệu, hiện vật bị lãng quên, thậm chí bị chôn vùi lâu năm trong đất và đang trong quá trình hư hại. Sau khi sưu tầm, từng tài liệu, hiện vật được Bảo tàng Văn hóa các dân tộc Việt Nam lập hồ sơ khoa học, trong đó xác định rõ niên đại, giá trị lịch sử, phục chế, bảo quản làm tài liệu, hiện vật có linh hồn rồi mới đem trưng bày, phát huy giá trị.
Đây là một nhiệm vụ quan trọng của đội ngũ những người làm công tác Kiểm kê - Bảo quản tại Bảo tàng Văn hóa các dân tộc Việt Nam. Trong thời gian chiến tranh phá hoại của đế quốc Mỹ, các tài liệu, hiện vật phải đóng gói, sơ tán đến các khu vực rừng núi của Đồng Hỷ, Võ Nhai. Gian khổ, nhưng tất cả tài liệu, hiện vật đều được bảo vệ an toàn. Đến giai đoạn 1980-1990, công tác bảo quản tài liệu, hiện vật thuận lợi hơn. Nhưng cơ bản vẫn là cách làm thủ công, như: giặt, là, hong phơi, lau chùi và sử dụng gạo rang, vôi củ chống ẩm mốc. Tuy trang thiết bị chưa đáp ứng được yêu cầu về bảo quản và xử lý kỹ thuật, nhưng ít nhiều đã làm cho các tài sản Quốc gia kéo dài thêm tuổi thọ.
Đến những năm gần đây, Bảo tàng đã có công nghệ bảo quản tài liệu, hiện vật hiện đại hơn rất nhiều. Ví như việc nâng cấp toàn bộ vỏ kho theo hệ thống từng kho chất liệu, gồm: kho đồ mộc, dệt, kim loại, giấy da, hội họa, phim ảnh, băng từ với nhiều máy móc phục vụ cho công tác bảo quản tiên tiến, hiện đại. Đặc biệt từ năm 2010, toàn bộ tầng hầm của Bảo tàng được cải tạo, nâng cấp làm kho bảo quản tài liệu, hiện vật, nâng tổng diện tích kho lên hơn 1.000 m2. Tại khu vực kho còn được trang bị các thiết bị bảo quản hiện vật, như thiết bị báo cháy, báo trộm, phòng ngập lụt. Trong kho luôn duy trì nhiệt độ thường xuyên từ 20-22 độ C; độ ẩm từ 60-65%, hệ thống thiết bị gồm gần 40 máy điều hòa, 8 máy hút ẩm, 9 máy đo nhiệt ẩm, 8 máy đo nhiệt độ - độ ẩm, 2 máy đo cường độ ánh sáng, 6 máy hút mùi, 5 máy hút bụi bảo đảm có thời gian hoạt động 24/24 giờ trong ngày. Để “kẻ thù” của tài liệu, hiện vật như mối, mọt, nước mưa thấm dột không thâm nhập được vào kho, đội ngũ nhân viên Phòng Kiểm kê - Bảo quản thường xuyên kiểm tra, phát hiện nhanh để có phương án xử lý hiệu quả.
Được biết, hiện Bảo tàng Văn hóa các dân tộc Việt Nam đang lưu giữ hơn 40.000 tài liệu, hiện vật ở nhiều chủng loại chất liệu khác nhau đang lưu giữ, trong đó gồm hơn 9.000 hiện vật chất liệu đồ dệt; gần 2.000 hiện vật chất liệu giấy; hơn 1.000 hiện vật chất liệu hội họa; gần 12.000 chất liệu phim ảnh, băng từ; gần 5.000 hiện vật chất liệu kim loại; gần 500 hiện vật chất liệu da; 200 hiện vật chất liệu nhựa; 400 hiện vật chất liệu đá, 500 hiện vật chất liệu sành; 200 hiện vật chất liệu xương… và nhiều các tài liệu hiện vật khác. Mọi thứ đều được phân loại, sắp xếp trên tủ, kệ, giá tại từng kho bảo quản, để trước khi mang trưng bày phục vụ nhân dân, du khách, các tài liệu, hiện vật có giá trị lịch sử, văn hóa, khoa học… của Quốc gia được bảo đảm an toàn, kéo dài tuổi thọ cho tài sản quốc gia trong mọi hoàn cảnh.