Giáo dục và đào tạo (GD và ÐT) những năm qua đạt được nhiều thành tựu nhưng cũng không ít bất cập, hạn chế. Một trong những nguyên nhân hạn chế được Nghị quyết Hội nghị T.Ư 8 (Khóa XI) chỉ ra là "việc phân định giữa quản lý nhà nước với hoạt động quản trị trong các cơ sở giáo dục, đào tạo chưa rõ". Vì vậy, nhiệm vụ đặt ra với GD và ÐT nói chung, giáo dục đại học (GDÐH) nói riêng cần "đổi mới căn bản công tác quản lý giáo dục, đào tạo, bảo đảm dân chủ, thống nhất" đòi hỏi toàn ngành GD và ÐT cần có những đổi mới phù hợp, đáp ứng yêu cầu thực tiễn đặt ra.
Những năm đầu của thế kỷ 21, GDÐH từng bước có những thay đổi nhất định, bảo đảm tách quản lý nhà nước với quản lý chuyên môn của các cơ sở GD và ÐT. Việc phân cấp, giao quyền tự chủ cho các trường đại học, cao đẳng (ÐH, CÐ) được thực hiện đồng thời với việc tăng cường công tác kiểm tra, thanh tra, giám sát của cơ quan quản lý nhà nước. Giữa cơ quan quản lý nhà nước ở T.Ư và các địa phương về giáo dục ÐH đã có sự phân cấp khá rõ ràng khi các địa phương tham gia quản lý một số công việc của ngành như: xác nhận các điều kiện bảo đảm chất lượng; kiểm tra, thanh tra... Tuy nhiên, để đáp ứng yêu cầu thực tiễn đặt ra, việc đổi mới quản lý GDÐH còn nhiều bất cập, mang tính bao cấp, ôm đồm, sự vụ và chồng chéo, phân tán; trách nhiệm và quyền hạn quản lý chuyên môn chưa đi đôi với trách nhiệm, quyền hạn quản lý về nhân sự và tài chính.
Ðáng chú ý, hệ thống pháp luật và chính sách về giáo dục thiếu đồng bộ, chậm được sửa đổi, bổ sung cùng với sự phối hợp giữa ngành GD và ÐT cùng các bộ, ngành, địa phương chưa chặt chẽ. Quyền tự chủ và trách nhiệm xã hội của các cơ sở giáo dục chưa được quy định đầy đủ, sát thực. Vì vậy, những sai sót, vi phạm quy chế chậm được phát hiện, xử lý; các kết luận thanh tra, kiểm tra chưa đủ mạnh hoặc xử lý sau thanh tra chưa kiên quyết và không đủ tính răn đe để chấm dứt các sai phạm. Năm 2012, Bộ GD và ÐT đình chỉ tuyển sinh đối với bốn trường ÐH, CÐ; 17 ngành thuộc tám trường ÐH, CÐ và mới đây nhất, những dấu hiệu sai phạm trong hoạt động của Trường ÐH tư thục Công nghệ và Quản lý Hữu Nghị (Hà Nội) đang được thanh tra, kiểm tra làm rõ.
Tất cả các vấn đề nêu trên đặt ra yêu cầu trong công tác đổi mới quản lý, giao quyền tự chủ nhưng gắn với chịu trách nhiệm của các cơ sở ÐT cần có nhiều giải pháp đồng bộ. Ðể thật sự đổi mới, cần xác định rõ chức năng quản lý nhà nước về GD của Bộ GD và ÐT và các bộ, ngành, địa phương liên quan. Hoàn thiện và triển khai cơ chế phối hợp giữa các bộ, ngành, địa phương theo hướng phân định rõ chức năng nhiệm vụ, thẩm quyền gắn với trách nhiệm. Tăng cường công tác kiểm tra, thanh tra giáo dục việc thành lập các trường và bảo đảm chất lượng giáo dục ÐH; việc thực hiện quy định của pháp luật về liên kết đào tạo, cấp phát văn bằng. Ngành GD và ÐT chuyển dần quản lý nhà nước về GD từ chỗ nặng về hành chính sang quản lý chất lượng, thông qua việc chuyển từ quản lý theo cách kiểm soát sang giám sát mọi hoạt động GD. Thực hiện giao quyền tự chủ và trách nhiệm xã hội của các cơ sở GDÐH đi đôi với hoàn thiện cơ chế công khai, minh bạch, bảo đảm sự giám sát của cơ quan nhà nước, của các tổ chức chính trị xã hội và nhân dân. Thực hiện cơ chế người học tham gia đánh giá người dạy, giảng viên tham gia đánh giá cán bộ quản lý, cán bộ quản lý cấp dưới tham gia đánh giá cán bộ quản lý cấp trên, cơ sở giáo dục tham gia đánh giá cơ quan quản lý nhà nước về giáo dục. Tách bạch rõ ràng và mạnh mẽ quản lý nhà nước với quản trị của các nhà trường cùng với việc phân cấp đi đôi giữa quyền hạn, quyền lợi gắn với trách nhiệm, nghĩa vụ.
Ðáng chú ý, để thực hiện việc đổi mới, đội ngũ cán bộ quản lý, giáo viên là người đi tiên phong. Vì vậy, ngành GD và ÐT cần đổi mới căn bản mục tiêu, nội dung, phương pháp đào tạo, bồi dưỡng giáo viên và cán bộ quản lý giáo dục. Chú trọng nâng tầm, năng lực sáng tạo và tính chuyên nghiệp của cán bộ lãnh đạo, quản lý, trình độ chuyên môn nghiệp vụ sư phạm của giảng viên. Riêng đối với các cơ sở giáo dục ÐH, CÐ cần xây dựng quy hoạch, lộ trình cụ thể để phát triển đội ngũ giảng viên đủ về số lượng, hợp lý về cơ cấu. Cân đối hợp lý giữa cán bộ làm công tác giảng dạy và cán bộ quản lý, cán bộ phục vụ để nâng cao hiệu quả hoạt động của nhà trường. Tập trung vào quản lý chất lượng giáo dục theo hướng chuẩn hóa đầu ra và các điều kiện bảo đảm chất lượng trên cơ sở ứng dụng các thành tựu mới về khoa học giáo dục, khoa học công nghệ và khoa học quản lý. Cơ sở GDÐH thực hiện công khai về chất lượng, các điều kiện bảo đảm chất lượng, và thu, chi học phí, tạo sự giám sát xã hội đối với chất lượng và hiệu quả đào tạo. Mỗi cơ sở GDÐH đổi mới tư duy không chỉ phát triển về số lượng mà phải nâng cao về chất lượng. Tránh tình trạng chưa có sự nhận thức đúng đắn về quyền tự chủ và trách nhiệm xã hội của các cơ sở GDÐH. Nói cách khác, đổi mới quản lý không có nghĩa cứ đòi quyền tự chủ cao, nhưng không chú ý đến trách nhiệm xã hội.
Sau 27 năm đất nước đổi mới, GDÐH đã có những đóng góp quan trọng trong đào tạo nhân lực, bồi dưỡng nhân tài cho đất nước. Tuy nhiên, vấn đề quản lý GDÐH còn yếu kém là một trong những nguyên nhân tạo nên những yếu kém, hạn chế khác trong phát triển nâng cao chất lượng đào tạo. Việc thực hiện đổi mới quản lý GDÐH ở các cấp, các ngành, nhất là ngành GD và ÐT được thực hiện một cách bài bản sẽ nâng cao chất lượng GDÐH. Ðiều đó sẽ góp phần thực hiện tốt mục tiêu "đào tạo nhân lực trình độ cao, bồi dưỡng nhân tài" mà Nghị quyết Hội nghị T.Ư 8 (Khóa XI) đề ra. Ðồng thời góp phần thực hiện tốt Chiến lược phát triển giáo dục 2011-2020 với mục tiêu: "Ðào tạo ra những con người có năng lực sáng tạo, tư duy độc lập, trách nhiệm công dân, đạo đức và kỹ năng nghề nghiệp, năng lực ngoại ngữ, kỷ luật lao động, tác phong công nghiệp, năng lực tự tạo việc làm và khả năng thích ứng với những biến động của thị trường lao động và một bộ phận có khả năng cạnh tranh trong khu vực và thế giới".