Theo Thông tư 85, ngày 18-7-2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật quản lý thuế về việc đăng ký thuế quy định: người nộp thuế thuộc diện đăng ký thuế, khi thực hiện thủ tục đăng ký thuế với cơ quan thuế đều được cấp một mã số thuế (MST).
MST là một dãy các chữ số được mã hoá theo một nguyên tắc thống nhất để cấp cho người nộp thuế theo pháp luật về thuế. MST để nhận biết, xác định từng người nộp thuế và được quản lý thống nhất trên phạm vi toàn quốc. Việc triển khai đăng ký MST là nhằm tự động hoá các chức năng cơ bản trong quản lý thuế thu nhập cá nhân (TNCN) trên cơ sở ứng dụng công nghệ thông tin nhằm đạt hiệu quả cao. Bên cạnh đó, việc đăng ký MST còn góp phần cải tiến quy trình, nghiệp vụ quản lý thuế hướng tới chuẩn mực Quốc tế; đáp ứng yêu cầu xử lý tự động hoá lượng thông tin lớn về thuế TNCN.
Với mục đích trên, Tổng Cục thuế đã có văn bản chỉ đạo các Cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc T.W tiến hành triển khai thực hiện cấp MST cho cá nhân làm công ăn lương theo công văn hướng dẫn số 7629 ngày 29-5-2009 của Ban chỉ đạo T.W triển khai Luật Thuế TNCN. UBND tỉnh đã có công văn số 1059, ngày 7-7-2009 gửi các tổ chức chi trả thu nhập cho người hưởng tiền công, tiền lương trên địa bàn tỉnh về việc triển khai công tác đăng ký thuế TNCN qua tổ chức chi trả thu nhập năm 2009. Trong đó yêu cầu, các cấp, các ngành, các đơn vị tổ chức triển khai việc đăng ký và cấp MST cho cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công qua các tổ chức trả thu nhập. Cục thuế tỉnh đã thành lập Tổ chỉ đạo, triển khai đăng ký thuế tại cơ quan thuế, phân công công việc cho các thành viên của tổ và chuẩn bị các điều kiện về cơ sở vật chất, nhân lực để cấp MST cho các đối tượng nhanh chóng.
Theo chỉ đạo của UBND tỉnh: việc cấp MST TNCN bắt đầu từ tháng 6/2009 và dự kiến kết thúc vào tháng 10/2009. Đến hết tháng 7-2009, Cục Thuế tỉnh đã tổ chức tập huấn công tác đăng ký thuế đến toàn bộ cán bộ, công chức trong ngành Thuế và tập huấn cho các đơn vị, doanh nghiệp. Hiện, cơ quan thuế đang tiến hành hướng dẫn các đơn vị sử dụng, cài đặt, cung cấp phần mềm miễn phí và sử dụng phần mềm hỗ trợ đăng ký thuế cho tổ chức trả thu nhập đã nộp hồ sơ của cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công…
Tuy nhiên, anh Hoàng Văn Thành, Trưởng phòng Kê khai và Kế toán thuế, Cục Thuế tỉnh cho biết: Qua dự kiến, tính trong phạm vi cấp tỉnh (chưa kể các huyện, thị, thành), dự kiến có 30 nghìn đối tượng có thu nhập từ tiền lương, tiền công phải thực hiện đăng ký, cấp MST. Đến thời điểm này, đã có 18.500 hồ sơ (chiếm 62% tổng số đối tượng dự kiến phải đăng ký) đã nộp cho cơ quan thuế, trong đó cơ quan thuế đã cấp mã số thuế cho 9.000 hồ sơ, còn 9.500 hồ sơ đang làm thủ tục cấp MST. Chỉ tính riêng trong từ tháng 7/2009 đến ngày 10/ 8 mới có 71 đơn vị với 3.500 đối tượng đăng ký, cấp MST. Trong khi đó, Cục Thuế tỉnh đã tổ chức triển khai đến gần 400 đơn vị, doanh nghiệp (theo giấy mời là 550 đơn vị, doanh nghiệp). Hiện còn 11.500 đối tượng hưởng lương chưa thực hiện đăng ký kê khai để được cấp MST. Điều đó, chứng tỏ còn nhiều đơn vị chưa nhận thức sâu sắc được ý nghĩa và tầm quan trọng của việc đăng ký, cấp MST nên chưa tích cực vào cuộc. Cũng có những đơn vị cho rằng các đối tượng hưởng lương ở đơn vị mình còn quá thấp nên không quan tâm đến công tác này.
Đăng ký kê khai MST là quyền lợi, trách nhiệm của mỗi cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công. Nếu không có đăng ký kê khai cấp MST TNCN qua tổ chức chi trả thu nhập, khi kê khai nộp thuế sẽ không được hưởng các quyền lợi về giảm trừ gia cảnh hay hoàn thuế nếu nộp thừa. Vì vậy, đòi hỏi các cơ quan, đơn vị còn lại nên quan tâm đến công tác này và nhanh chóng triển khai đến các cá nhân trong đơn vị mình để đảm bảo quyền lợi, trách nhiệm cho những người hưởng tiền lương, tiền công.