Bằng nguồn vốn của Trung ương, tỉnh và địa phương, từ năm 2016 đến nay, T.X Phổ Yên đã tập trung cải tạo và nâng cấp 9 chợ nông thôn trên địa bàn 9 xã với tổng kinh phí trên 22,5 tỷ đồng. Sau khi được nâng cấp, sửa chữa, hoạt động của các chợ đã đáp ứng tốt hơn nhu cầu sản xuất, kinh doanh và phục vụ đời sống của người dân.
Hiện mạng lưới hệ thống chợ trên địa bàn Thị xã cơ bản được xây dựng kiên cố, phân bố tương đối đồng đều với 1 chợ trung tâm thị xã, 9 chợ trên địa bàn các xã và 2 chợ trên địa bàn các phường, tổng số gần 1.600 điểm kinh doanh cố định. Ngoài hệ thống chợ, trên địa bàn Thị xã còn có 4 siêu thị (tổng diện tích trên 6.500m2), các cửa hàng tiện ích được đầu tư chủ yếu bằng nguồn vốn tư nhân, cung ứng các loại hàng hóa phục vụ nhu cầu thiết yếu của người dân.